Na czele pierwszego powstania niepodległościowego, walczących o równouprawnienie Kreolów, w 1810 roku stanął ksiądz Miguel Hidalgo y Costilla (rozstrzelany 30 lipca 1811 roku). Pierwszą liberalną konstytucję podpisał w 1812 roku Ferdynand VII Hiszpański. Kolejnym działaczem tego okresu, był w latach 1811–1815 proboszcz z Carácuaro José María Morelos (rozstrzelany 22 grudnia 1815 roku). Doprowadził on do zjazdu Kongresu Narodowego, który uchwalił podstawowe założenia przyszłego ustroju państwa. Zgodnie z tzw. Planem Iguala, 2 marca 1821 roku w Iguala zawarto porozumienie na których miał się oprzeć niepodległy Meksyk gwarantujące pozycję Kościoła, równane prawa dla obywateli i niepodległość. Po proklamowaniu w 1821 roku niepodległości nastąpiła marginalizacja Kościoła, sekularyzacja, a za liberalnymi reformami poszło wydalenie biskupów katolickich i prześladowania duchowieństwa polegające na więzieniu i zabijaniu kapłanów. Kolejne rządy na przemian intensyfikowały bądź osłabiały represyjną politykę państwa wobec Kościoła.