W 1613 roku wysłał do Europy Nicolasa Trigaulta, którego zadaniem było uzyskanie zgody na reformę administracyjną misji i pozyskanie dla niej nowych zasobów. Papiestwo zgodziło się na wyłączenie prowincji chińskiej spod jurysdykcji japońskiej, w wyniku czego powstała niezależna wiceprowincja chińska. Trigault zrealizował również swoje drugie zadanie. Udało mu się bowiem zachęcić kolejnych, wykształconych jezuitów do przyjazdu do Chin. Zgromadził także wiele przyrządów naukowych oraz ksiąg religijnych i naukowych. To właśnie ze względu na wysoki poziom wykształcenia i biegłość w różnych dziedzinach nauki jezuici byli cenieni przez chińskie elity rządzące.
W 1619 roku Longobardo razem z Pierre’em Van Spierem założył ośrodek misyjny w Shaanxi. W 1621 roku działał w Hangzhou. W 1622 roku władze zakonu postanowiły, iż nowym przełożonym misji będzie Giovanni Aroccia. Od tamtej pory Longobardo poświęcił się całkowicie pracy misyjnej i teologicznej. W 1636 roku założył kolejny ośrodek misyjny, tym razem w prowincji Szantung. Jego działalność koncentrowała się na Jinan i Qingzhou. Mimo dużych sukcesów i postępów w ewangelizacji, między jezuitami w Chinach doszło do sporu. Jego przedmiotem była kwestia, na ile nauczanie katolickie należało dopasować do miejscowej kultury.