Natomiast zniszczenie fortyfikacji miasta miało na celu zmuszenie przeciwnika do przyjęcia bitwy w polu oraz likwidowało potrzebę utrzymywania garnizonu w zdobytych twierdzach i rozdrabniania sił.
Kapitulacja miasta 13 października w mieście odbyło się kolejne zebranie rady wojennej, podczas której uznano, że dalsza obrona nie jest możliwa i podjęto decyzję o kapitulacji i zdaniu się na łaskę króla Szwecji. 14 października o 6 rano Szwedzi wkroczyli do miasta przez Bramę Chełmińską.
Garnizon saski, liczący w momencie kapitulacji 1863 zdrowych i 2992 chorych, został rozbrojony, a żołnierze wcieleni do armii szwedzkiej lub wysłani do Szwecji. Zwycięzcy zażądali od mieszkańców 100 tys. talarów kontrybucji, zagroziwszy zburzeniem miasta. Zarekwirowali broń, amunicję i zapasy. Zażyczyli sobie pokrycia kosztów utrzymania sztabu oraz wykonywanych prac oblężniczych, miasto obłożono też kosztem wysyłki jeńców do Gdańska oraz leczenia chorych żołnierzy saskich. Następnie Szwedzi przystąpili do niszczenia miejskich fortyfikacji. Zakopano fosy, wyrównano dzieła ziemne, spalono drewniane elementy murów i wież. Wysadzono barbakany Chełmiński i Starotoruński oraz baszty Koci Ogon i Koci Łeb. Szwedzi rozpoczęli też rabowanie miasta, między innymi przystąpili do demontażu miejskich dzwonów. Od dzwonu Tuba Dei wiszącego na wieży bazyliki św.