Po 26 września intensywność ostrzału spadła, ale Szwedzi budowali aprosze coraz bliżej miasta, zbliżywszy się do niego na 100 kroków i zbudowali kolejne stanowisko ognia artyleryjskiego.
7 października rozpoczęły się rozmowy ze Szwedami. Karol XII zażądał bezwarunkowej kapitulacji, odrzuciwszy wszystkie alternatywne rozwiązania. Saski dowódca nie wyraził zgody na kapitulację, więc 9 października wznowiono bombardowanie miasta. 11 października przedstawiciele mieszkańców wysłali do Szwedów petycję z prośbą o zachowanie miasta. Mieszkańcy odwoływali się m.in. do zasad chrześcijańskich, wspólnoty wyznania ze Szwedami (Toruń był miastem z przewagą ewangelików), ale Karol XII pozostał nieugięty. 12 października rozstawiono dwie kolejne baterie.
thumb|Oblężenie Torunia, miedzioryt wg rysunku J. Lithena|300px
Nieugięta postawa Karola XII podczas oblężenia miała kilka celów. Po pierwsze, miała zastraszyć mieszkańców i załogi innych miast, by ułatwić Szwedom podbój. Po drugie, obniżyć poparcie dla Augusta II w Polsce i doprowadzić do jego detronizacji, jako winnego nieszczęścia, które spadło na kraj.