Emile Zuckerkandl z matką i babką znalazł się we Francji, dokąd już wcześniej wyjechał jego ojciec (z Francją łączyły rodzinę więzi małżeńskie). Po upadku Francji wszyscy przedostali się do Algierii; przebywali tam do końca wojny (1940–1945).
Młody E. Zuckerkandl był zainteresowany medycyną oraz – stwierdził, że w większym stopniu – biologią. Studia biologiczne, rozpoczęte w Algierii, utrudniała antysemicka polityka rządu Vichy. Pobierał lekcje gry na fortepianie u nauczyciela, który bardzo wysoko oceniał jego zdolności muzyczne.
Po zakończeniu wojny i krótkim pobycie na Sorbonie E. Zuckerkandl wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie studiował fizjologię na University of Illinois. W kolejnych latach studiował biochemię we Francji i prowadził badania we francuskim Marine Laboratory oraz w Marine Biological Laboratory w Woods Hole. Otrzymał dyplom MA w roku 1947 (University of Illinois;