XVII–XVIII w. W czasie Wielkiej Smuty i wojny polsko-rosyjskiej z terenu monasteru prowadzone były działania pierwszego pospolitego ruszenia przeciwko wojskom polsko-litewskim. Również wtedy klasztor odniósł straty materialne i po zakończeniu walk został odbudowany. Wtedy po raz pierwszy otoczono go murami. W 1588 monaster Wysoko-Pietrowski otrzymał przywilej stauropigii i zachował go do likwidacji patriarchatu dokonanej przez Piotra I. W hierarchii klasztorów stauropigialnych zajmował 14. miejsce, a jego przełożeni automatycznie otrzymywali godność archimandryty. Od soboru moskiewskiego 1666–1667 mieli prawo brać udział we wszystkich soborach lokalnych Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.
Nowa cerkiew Bogolubowskiej Ikony Matki Bożej powstała w monasterze po buncie strzelców, w 1690, dla uczczenia zamordowanych w jego trakcie i pochowanych na terenie klasztoru Iwana i Afanasija Naryszkinów. Cerkiew ta stała się następnie rodzinnym mauzoleum Naryszkinów. Równocześnie w monasterze wzniesiono nową bramę wjazdową z dzwonnicą i cerkwią nadbramną Opieki Matki Bożej, jak również budynki mieszkalne dla mnichów. Monaster regularnie odwiedzał car Piotr I, który sponsorował również jego dalszą rozbudowę i upiększanie. Obfite wsparcie ze strony cara oraz rodu Naryszkinów sprawiły, iż przełom XVII i XVIII w.