Zamiast tego nakazał rozstrzelać jeńców, a generała Charlery’ego – aresztować. Później został on zwolniony i przywrócony do służby.
Tego samego dnia, z zadaniem osądzenia więźniów przybyła Komisja Bignona. Komisja pracowała przez trzy dni i zadecydowała o egzekucji wszystkich wandejskich bojowników, złapanych z bronią w ręku. Egzekucje rozpoczęły się wieczorem tego samego dnia, gdy ogłoszono wyrok komisji. Trwały one przez osiem kolejnych dni. Liczba straconych skazańców nie jest znana. Według oficjalnych statystyk stracono 662 osoby. Istnieją jednak podejrzenia co do tego, że podana liczba uwzględnia tylko skazańców straconych w ciągu trzech pierwszych dni egzekucji. Komisarz (représentant en mission) Benaban napisał, że zastrzelono 2 tysiące osób. Podobnie, generał François Carpantier chwalił się straceniem 1,5 tysiąca osób. 1 679 kobiet i dzieci zamknięto w więzieniach w Nantes. Niektórzy oficerowie, w tym Kléber i Savary żądali od Carriera oszczędzenia ich życia, jednak Carrier pomimo tego postanowił rozstrzelać lub utopić wszystkich więźniów.