Ponadto otworzył regularne połączenia przemytniczych samolotów oraz wprowadził do akcji towarowe łodzie podwodne. Zbudował także linię produkcyjną, na której narkotyki taśmowo pakowano do puszek z napisem „chili” i oficjalnie eksportowano do USA. 24 maja 1993 uniknął śmierci podczas – przeprowadzonego przez komando kartelu Tijuana na parkingu portu lotniczego w Guadalajarze – zamachu na jego życie. Z uwagi na fakt, że wśród ofiar zamachu był arcybiskup Juan Jesús Posadas Ocampo, władze państwowe rozpoczęły gigantyczną obławę na Guzmána.

Więzienie 1993–2001 Po schwytaniu – 9 czerwca 1993 nieopodal Ciudad Cuauhtémoc, na granicy Meksyku z Gwatemalą – został skazany na 20 lat pozbawienia wolności i osadzony w Federalnym Ośrodku Readaptacji Społecznej nr 1 „Altiplano” (25 km od Toluki). Podczas odsiadywania wyroku cały czas zarządzał kartelem, a w czerwcu 1995 r. – po aresztowaniu Héctora Luisa Palmy Salazara – stał się jego samodzielnym szefem. 22 listopada 1995 przeniesiono go do więzienia „Puente Grande” koło Tonali.