Niemcy poddali zatrzymanych dokładnej rewizji, po czym polecili im, aby położyli się twarzą do ziemi przy pobliskiej leśnej drodze. Podobnie postąpiono z udającymi się do pracy kobietami. Kilku mieszkańców usiłowało niepostrzeżenie wymknąć się ze wsi, jednak wszystkich zatrzymały niemieckie posterunki.
Niemcy wkroczyli do Michniowa po upływie około godziny od zamknięcia pierścienia okrążenia. Z domów brutalnie wywlekano mężczyzn i chłopców, bijąc ich przy tym i maltretując. Szybko padły także ofiary śmiertelne. Jako pierwsi zginęli bracia Antoni i Jan Gołębiowscy, zastrzeleni przez niemieckich policjantów podczas przemarszu na punkt zborny. Chwilę później, na tzw. wygonie w pobliżu miejscowej szkoły, ustawiono w szeregu 18 mężczyzn. Niemcy dokładnie sprawdzili personalia zatrzymanych, po czym strzałem w tył głowy zabili 17 mężczyzn. Egzekucji uniknął jedynie Józef Dupak. Niemiecki oficer pozwolił mu odejść, gdyż uznał, że zniszczone ciężką pracą dłonie mężczyzny stanowią „dowód”, iż nie mógł on mieć nic wspólnego z partyzantką. Pozostałych mężczyzn z Michniowa zgromadzono przy zakręcie drogi przebiegającej przez wieś. Tam na podstawie imiennej listy kolejno wywoływano wyczytane osoby.