Do 2006 ekshumowano 126 ciał, z których udało się Instytutowi Medycyny Sądowej w 1998 zidentyfikować 96. Aż ponad z zaginionych bez wieści podczas rządów junty nie udało się jednak znaleźć. Na Patio 29 zdarzało się, że w jednej trumnie umieszczono kilka ciał, często z kulami. Augusto Pinochet wyjaśniał, że ciała umieszczano jedno na drugim z oszczędności miejsca, a po ogólnym wzburzeniu przepraszał za to stwierdzenie. Komentarz Pinocheta zawstydził nawet jego zwolenników i zwrócił uwagę na skalę naruszeń praw człowieka.
Według władz do roku 2006 wszystkie ciała zostały ekshumowane, lecz niektóre rodziny ofiar kwestionują ten fakt. Wątpliwości co do prawidłowości identyfikacji przybrały na sile w 2003, a w 2005 wewnętrzne testy DNA wykazały znaczne rozbieżności. 48 ciał zostało źle zidentyfikowanych, a w przypadku 37 osób pojawiły się wątpliwości. Nowa baza próbek DNA została stworzona przez instytut medycyny sądowej w maju 2007. Pod koniec 2009 udało się prawidłowo oznaczyć trzy ciała.