Sezon 2012/13 Przed sezonem 2012/13, Stephenson grał w lidze letniej w Orlando. Przewodził tam wszystkim zawodnikom pod względem średniej punktowej (19,8) oraz był trzeci pod względem wskaźnika asyst na mecz (4,8). Został wybrany do pierwszej piątki imprezy.
Sezon 2012/13 był dla Stephensona przełomowy. Z powodu kontuzji kolana, najlepszy punktujący Pacers w poprzednich pięciu sezonach, Danny Granger opuścił większość sezonu 2012/13. Początkowo jego miejsce zajmowali Gerald Green i Sam Young, lecz po dobrej grze w pierwszych sześciu meczach, do wyjściowej piątki został powołany Stephenson. 30 stycznia 2013, w meczu przeciwko Detroit Pistons zanotował pierwsze double-double w NBA, zdobywając 12 punktów i 11 zbiórek. W trakcie sezonu trzykrotnie przekraczał granicę 20 zdobytych punktów: 29 stycznia, w przegranym spotkaniu z Denver Nuggets zdobył 20 punktów, w wygranej nad Rockets 27 marca uzyskał 21 punktów, a w przedostatnim meczu sezonu regularnego, 14 kwietnia, wyrównał swój rekord, notując 22 punkty przeciwko New York Knicks. W grudniu 2012 opuścił dwa mecze z kontuzją prawej kostki. 27 lutego został ukarany przez ligę karą pieniężną w wysokości 35 000 dolarów za udział w przepychankach w trakcie meczu Pacers-Warriors. W marcu 2013 opuścił jeden mecz z naciągniętym prawym zginaczem stawu biodrowego.