Posługujący się biegle językiem niemieckim Bilek pod koniec września zgłosił władzom okupacyjnym działalność swojej instytucji (powrócili do niej także inni przedwojenni pracownicy), która została zaakceptowana i działała pod nazwą Staatliches Institut für Hygiene Krakau (Państwowy Instytut Higieny Kraków). Zakład prowadził funkcjonowanie w swoim zakresie, ponadto organizował kursy dla dezynfektorów, w ramach których Bilek był wykładowcą i egzaminatorem, poza tym Bilek wykładał dla lekarzy powiatowych lub pielęgniarek. Przez cały czas wojny Bilek sporządzał meldunki dotyczące zachorowań na choroby zakaźne w Małopolsce.
U schyłku wojny w styczniu 1945 objął posadę naczelnika Wydziału Zdrowia w Urzędzie Wojewódzkim w Krakowie, z której wkrótce ustąpił argumentując zamiarem powrotu do PZH i skupienia się na kierowaniu filią. Odmówił wstąpienia do partii komunistycznej. Od 1945 do 1950 zakres działań urzędu był ograniczony, w 1950 uległ rozszerzeniu po przejęciu kompetencji Oddziału Sanitarno-Przeciwepidemicznego z Wojewódzkiego Wydziału Zdrowia. Był organizatorem oddziałów powiatowych i miejskich, szkoleń, działalności edukacyjnej, propagowania higieny. Od 1952 do 1970 był dyrektorem Wojewódzkiej Stacji Sanitarno-Epidemiologiczną w Krakowie, w którą została przekształcona krakowska filia PZH.