W ciągu XIX w. kilkakrotnej reorganizacji podlegała organizacja i zasięg terytorialny konsystorza oraz władz państwowych. Superintendentura toruńska podlegała od 1816 pod konsystorz w Gdańsku, w latach 1832-1886 w Królewcu, następnie do 1920 ponownie w Gdańsku. Od tej daty czyli roku przyłączenia miasta do Polski diecezja toruńska podlegała pod konsystorz ewangelicki w PoznaniuElżbieta Alabrudzińska, Stosunki religijne w Toruniu (1815-1914), [w:] Historia Torunia, pod red. Mariana Biskupa, t. 3, cz. 1, Toruń 2003, s. 393.. W 1818 w skład okręgu kościelnego wchodziło 5 parafii: Staromiejska, Nowomiejska i św. Jerzego w Toruniu, oraz parafie w Górsku i Grębocinie, w skład której wchodziły również kościoły w Rogowie i Lubiczu Dzieje twórcy w zespół Superintendentura Toruńska Archiwum Państwowe w Toruniu, baza danych SEZAM [dostęp 2015-02-15]. W następnych latach do diecezji toruńskiej wchodziły kolejne parafie ewangelickie. W 1844 włączono parafię w Chełmży, a w 1853 parafię w Kowalewie (później weszła w skład nowo powstałej superintendentury wąbrzeskiej). Około 1866 do superintendentury należało 298 miejscowości, podzielonych na 7 parafii. W kolejnych latach wobec napływu na ziemie osadników niemieckich tworzono nowe parafie m.in. na Podgórzu w 1898.