W tej ostatniej kwestii jego postępowanie prawdopodobnie było spowodowane naciskiem ugrupowań Tutsi, a także bezkompromisową postawą obu kluczowych ugrupowań Hutu – odrzucających ideę jakiegokolwiek podziału władzy z Tutsi oraz domagających się przywrócenia demokratycznej konstytucji z 1992 roku.
Strategia Nyerere pogłębiła fragmentaryzację burundyjskiej sceny politycznej, gdyż przyczyniła się do powstania licznych „kanapowych” partii Hutu i Tutsi, utworzonych wyłącznie w celu zapewnienia ich przywódcom stanowisk w przyszłym rządzie jedności narodowej. Przyczyniła się także do radykalizacji obu najsilniejszych zbrojnych ugrupowań Hutu. Niemniej mediacja Nyerere przełożyła się na pewien postęp w negocjacjach pokojowych. W czerwcu 1998 roku siedemnaście ugrupowań Hutu i Tutsi podpisało deklarację ws. zawieszenia broni. Wkrótce później Nyerere z poparciem OJA wystąpił z wnioskiem o zniesienie sankcji ekonomicznych nałożonych na Burundi przez państwa regionu, co nastąpiło 23 stycznia 1999.