Nyerere zmarł w październiku 1999. Dwa miesiące później na stanowisku głównego mediatora w burundyjskim konflikcie zastąpił go były prezydent RPA, Nelson Mandela. W przeciwieństwie do swego porzednika zajmował on o wiele bardziej twarde stanowisko wobec żądań Tutsi, co być może wynikało z jego osobistych doświadczeń z okresu walki z Apartheidem. Był też z tego powodu oskarżany przez polityków Tutsi o stronniczość na korzyść Hutu.
Ostatecznie 28 sierpnia 2000 roku, pod długich i trudnych negocjacjach, rząd Burundi, Zgromadzenie Narodowe oraz koalicja siedmiu partii Hutu (tzw. G-7) i koalicja dziesięciu partii Tutsi (tzw. G-10) zawarli w Aruszy porozumienie w sprawie pokoju i pojednania w Burundi. W gronie sygnatariuszy znalazły się takie ugrupowania polityczne i militarne jak m.in. UPRONA i PARENA (po stronie Tutsi) oraz FRODEBU i FROLINA wraz z mniejszymi frakcjami PALIPEHUTU i CNDD (po stronie Hutu). W uroczystości podpisania porozumienia uczestniczyli m.in. Nelson Mandela, prezydent USA Bill Clinton, sekretarz generalny ONZ Kofi Annan, sekretarz generalny OJA Salim Ahmed Salim, francuski minister ds.