Po zakończeniu tej operacji służył przez krótki czas jako gubernator wojskowy na Guam.

Podczas kampanii nowogwinejskiej Siły Południowego Pacyfiku gen. Horiiego miały dokonać desantu z morza i zająć Port Moresby, ale plan nie mógł być zrealizowany z powodu klęski, którą Japończycy ponieśli w bitwie na Morzu Koralowym. W tej sytuacji Japończycy zdecydowali się na ofensywę lądową i zajęcie miasta od strony północnego wybrzeża. W lipcu 1942 roku ustanowili przyczółki Buna-Gona i Sanananda. Tak zaczęły się walki na szlaku Kokoda. Oddziały Horiiego ruszyły szlakiem, który był jedyną drogą wiodącą do Port Moresby przez Góry Owena Stanleya.

16 września, tocząc zacięte walki z niewielkimi siłami Australijczyków, żołnierze Horiiego dotarli do punktu o nazwie „Ioribaiwa”, skąd nocą było już widać światła Port Moresby. Jednak wobec trudnej sytuacji na Guadalcanalu, dowództwo japońskie uznało, że nie może prowadzić obu kampanii i 23 września nakazało Horiiemu odwrót ze szlaku Kokoda do czasu rozwiązania kryzysu na Guadalcanalu. Dostawy zaopatrzenia dla oddziałów Horiiego ustały i w szeregach zaczął się głód 26 września Japończycy zaczęli się wycofywać z linii frontu.