Gdy wreszcie wypłynął na czele eskadry sześciu okrętów liniowych (w tym flagowy „Superb”, 74 działa), dysponował wystarczającą siłą, by bez problemów odebrać Francuzom zajętą przez nich angielską kolonię w Gorée. Na indyjskim teatrze działań jego eskadra miała przygniatającą przewagę nad siłami nieprzyjaciela, który z tego powodu nie przejawiał większej aktywności. W grudniu 1780 zniszczył w Mangaluru kilka uzbrojonych jednostek, które Haider Ali wyposażył do ataków na angielskie jednostki handlowe. 26 września 1780 został promowany na wiceadmirała eskadry niebieskiej. Gdy w listopadzie 1781 nadeszły wieści o wybuchu wojny z Holandią, nawiązał współpracę z oddziałami gen. sir Hectora Munro, z którymi zdobył Negapatam. Zaokrętowawszy następnie ok. 500 żołnierzy, popłynął do Trincomalee, dokąd dotarł 4 stycznia 1782. Holendrzy nie byli w stanie stawić oporu, w rezultacie miasto oraz dolny fort zostały zajęte w nocy 5 stycznia, a siły holenderskie wycofały się do górującego nad portem fortu Osnabrug. Zorganizowawszy siły do szturmu, 9 stycznia Hughes zwrócił się do obrońców z formalnym żądaniem poddania, i prywatnym listem do gubernatora, z którym wcześniej był zaprzyjaźniony. Ponieważ żądania zostały odrzucone, Brytyjczycy wzięli fort szturmem 11 stycznia, przy bardzo małych stratach z obu stron.