Większość dnia wypełniały braciom i ojcom modlitwy w kościele oraz chórze zakonnym, rozpoczynające się o 5.30 rano i kończące wieczorem. Codziennie odprawiano jedną mszę konwentualną w rycie rzymskim i jedną w rycie bizantyjskim. W porządku nabożeństw z 1786 roku zanotowano, że w niedzielę odprawiano sumę śpiewaną i graną przez kapelę oraz mszę ruską przez kapłana odprawianą i śpiewaną na głosy przez diaczków. Kazania wygłaszano po polsku i po rusku. Karmelici byli pionierami działalności ekumenicznej w regionie – utrzymywali dobre stosunki z lokalnym duchowieństwem unickim i prawosławnym, wysyłali w najważniejsze święta prawosławne delegacje do cerkwi oraz organizowali w sanktuarium wspólne modlitwy. W działalności charytatywnej czy edukacyjnej nie zwracali uwagi na wyznanie.
Duszpasterstwo karmelitów koncentrowało się wokół sanktuarium maryjnego Matki Boskiej Berdyczowskiej. Jego cechą charakterystyczną było szerzenie kultu Matki Bożej Szkaplerznej i nacisk położony na spowiedź uszną. Przy klasztorze działało sześć bractw, które miały swoich promotorów spośród zakonników, zarządy i regulaminy. Skupiały one kilka tysięcy członków.