Pasmo sukcesów kariery Teitelbauma przerwał rok 1938. Wówczas w życie weszły antyżydowskie dekrety, w tym dekret o przesiedlaniu Żydów w przypadku nieudowodnienia przez nich posiadanego obywatelstwa. Teitelbaum zdecydował się na wyjazd do Czechosłowacji, pozostawiając pomimo ich nalegań swoich zwolenników. Po czasie kryzysu spowodowanego rządami Octaviana Gogi wrócił do Satu Mare. W czasie niebezpieczeństwa nadchodzącej wojny nakazał swoim zwolennikom pokutę oraz przestrzeganie micw, sprzeciwiając się czynnej walce.
Mimo niechęci Teitelbauma do organizacji Agudat Israel, zdecydował się on na współpracę z nią, odrzucając jednak inicjatywę współdziałania z Ha-Mizrachi ze względu na jej syjonistyczny charakter. Konsekwentnie nie przyjmował propozycji dotyczących ukrywania się i ucieczki w czasie trwania wojny; odmówił nawet wówczas, gdy w marcu 1944 roku grupa chasydów z Oradei zorganizowała dla niego pomoc w przekroczeniu granicy. Teitelbaum starał się jednak zarówno o wizę do Stanów Zjednoczonych jak i do Palestyny, jednak żadnej mu nie przyznano.