Zajmuje ona stanowisko mechanicystyczne, wytykając Kartezjuszowi pewną w tym niekonsekwencję (scholastyczna koncepcja ciężaru opiera się na Arystotelejskiej idei przyczynowości). Elżbieta nakłania Kartezjusza do pogłębienia tej problematyki w jego pracach. Wskazuje również na problem cielesnych warunków procesów myślowych, tzn. jak kondycja ciała wpływa na jakość czy możliwość myślenia. Elżbieta zachowuje pewną autonomię procesów myślowych (nie są one determinowane przez rzeczywistość materialną), w znacznie jednak mniejszym stopniu niż Kartezjusz.
Jak wynika z korespondencji, Elżbieta była też bardzo biegła w matematyce i filozofii przyrody. M.in. zajęła się problemem Apoloniusza, do którego zaproponowała nieco odmienne od Kartezjusza rozwiązanie, które jednak nie zachowało się do naszych czasów. Jej kompetencje matematyczne były szeroko znane, np. John Pell prosił ją o objaśnianie trudnych fragmentów Kartezjańskiej Geometrii.
W zakresie filozofii przyrody Elżbieta prowadziła własne obserwacje na temat chorób, krytykowała niektóre tezy Kartezjusza (na temat magnetyzmu i ciężaru rtęci), ale też broniła go przed krytykami (np. Kennelmem Digbym). Kartezjusz zadedykował jej swoje Zasady filozofii (1644).