W niepodległej Estonii thumb|220px|Jaan Tõnisson w latach 30. Powrócił do Estonii po tym, gdy państwo to obroniło niepodległość w wojnie z Rosją radziecką. Od 1919 stał na czele Estońskiej Partii Ludowej, głoszącej program umiarkowanie liberalny i narodowy, pozyskującej wyborców głównie spośród chłopów, mieszczan i inteligencjiJ. Lewandowski, Historia..., s. 183.. W latach 1919–1920 był premierem EstoniiT. Miljan, Historical..., s. 465., natomiast w latach 1923–1925 pełnił funkcję przewodniczącego parlamentu. Do 1935 r. pozostawał również redaktorem naczelnym "Postimees", utrzymując znaczący wpływ na część opinii publicznej.
Od 1927 do 1928 był głową państwa (dosł. Starszym Państwa, est. Riigivanem). W latach 1930–1932 pełnił w kilku kolejnych rządach funkcję ministra spraw zagranicznych. W 1933 r. został ponownie Starszym Państwa. W atmosferze narastających konfliktów politycznych o kształt nowej konstytucji, kryzysu gospodarczego i upadającego autorytetu rządu w sierpniu 1933 r. wprowadził w Estonii stan wojenny, co oznaczało wprowadzenie cenzury prewencyjnej, zawieszenie niektórych swobód obywatelskich i likwidację części organizacji.