Član A porodice proteina sa sličnošću sekvence 43 (FAM43A), znan i kao GCO3P195887, GC03P194406 i GC03P191784 jest gen koji je kod ljudi nalazi naa hromosomu 3. Kodira protein od 423 bp koji je konzerviran kod primata, a njegovi ortolozi nađeni su i kod ostalih vrsta vertebrata kao i beskičmenjaka. Identificirane su tri varijante transkripta, dva proteina koja kodiraju izoforme (aAug10, bAug10) i nekodirajući transkript (cAug10).
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 423 aminokiseline, а molekulska težina 45.776 Da.
1020304050 MLPWKKHKFELLAEAPPRQASKPKGYAVSLHYSALSSLARACPEGALSRV GSMFRSKRKKLHITSEDPTYTVLYLGNATTIQARGDGCTDLAVGKIWSKS EAGRQGTKMKLTVSAQGIRMVHAEERALRRPGHLYLLHRVTYCVADARLP KVFAWVYRHELKHKAVMLRCHAVLVSKPEKAQAMALLLYQTSANALAEFK RLKRRDDARHQQQELVGAHTIPLVPLRKLLLHGPCCYKPPVERSRSAPKL GSITEDLLGEQLEQELQEEEEEEQPEGCPEEEENRAAEGDPAEEEAEAQR ALVVAMHFECGDLLDTLENGRGEALGGGGGSLGPGAGPPPLLLGSASDMK AELSQLISDLGELSFGNDVRTLQADLRVTRLLSGDSTGSESSIEGGGPDA TSATAGDSSRQADGASADEPHSG
Gen Ovaj gen nalazi se na dugom kraku hromosoma 3 na regiji 3q29; FAM43A sastoji se od 2.493 baze; a prevedeni protein sadrži domen interakcije fosfotirozina, pretpostavljeno mjesto vezanja fosfoinozitida i pretpostavljeno vezno mjesto za peptide.
Protein FAM43A i paralog FAM43B sadrže specifičnu porodicu gena i dijele strukturnu homologiju sa adapterskim proteinom receptora za lipoprotein niske gustoće (LDLrP). Ortolozi identificirani su u Mammalia, Aves, Actinopterygii, Reptilia, Hemichordata, Cephalochardata, Mollusca, Brachiopoda, Nematoda i Arthropoda. Nisu identificirani ortolozi osim vrsta beskičmenjaka. thumb| Neukorijenjeno filogenetsko stablo sa ortolozima kod sisara, ptica, riba, gmizavaca i nekoliko vrsta beskičmenjaka.
Paralozi FAM43A i paralog FAM43B sadrže specifičnu porodicu gena koji dijele strukturnu homologiju sa adapterskim proteinom receptora za lipoprotein niske gustoće (LDLrP).
Ortolozi
Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj Sličnost sekvence (%) Gorilla gorilla Gorila XP_004038285.1 99 Orcinus orca Kit ubica XP_004278817.1 94 Gallus gallus Kokoš XP_426700.2 74 Danio rerio Zebrica NP_999870.1 71 Python bivittatus Piton XP_007440325.1 51 Branchiostoma belcheri Kopljača XP_0196466582.1 49 Limulus polyphpemus Kopitasta kraba XP_013779827.1 38 Caenorhabditis elegans Nematoda NP_509937.1 35 Daleki homolog identifikovan je korišćenjem NCBI programa proteina BLAST, proteina adaptera receptora za lipoprotein niske gustoće 1 nalik na Cryptotermes secundus. Međutim, kada je sekvenca LOC111863195 upoređena sa sekvencom Homo sapiens, otkriveno je da homolog mapiran na hromozom 1, što ga čini ortologom paraloga FAM43B. Činjenica da se protein FAM43A ne može pratiti dalje u evolucijskoj historiji od beskičmenjaka ukazuje da bi to mogla biti tačka u kojoj su se FAM43A i paralog FAM43B razišli. prije otprilike 797 miliona godina.
Ekspresija Tkivno specifična ekspresija FAM43A protein je visoko eksprimiran u ustima, vaskularnom sistemu, slezeni i ušima. Značajna ekspresija uočena je u masnom tkivu, pupčanoj vrpci i kostima, sa najvećom ekspresijom u fazi razvoja novorođenčeta.
Ekspresija u bolesti Ekspresija je pojačana kod tumora glave i vrata i karcinoma mokraćne bešike, što ukazuje na onkogenu funkciju. Ekspresija FAM43A je pojačana u ćelijskim linijama ranog prekursora T-ćelija (ETP) akutne limfoblastne leukemije (ALL) (GDS4299) i trostruko negativnog karcinoma dojke (TNBC) Hs578T (GDS4092). FAM43A mapa ekspresije u mozgu Mus musculus ukazuje na diferencijalnu ekspresiju u korteksu, corpus callosum i hipotalamusu. Primarna funkcija žulevitog tijela (corpus callosum) je da inervira i poveže dvije moždane hemisfere. Corpus callosum integrira motorne, senzorne i kognitivne performanse između korteksne regije na jednoj hemisferi i cilja u drugoj. Hipotalamus povezuje nervni sa endokrinim sistemom preko hipofize.
Varijacija
Sindrom mikrodelecije 3q29 (monosomija 3q29) uzrokovan je intersticijskom delecijom 3q29, posredovanom nealelnom homolognom rekombinacijom između ponavljanja niske kopije koja rezultira uobičajenom delecijom. Sindrom mikrodelecije 3q29 obilježen je gubitkom 1,6 miliona parova baza, uključujući pet poznatih gena i 17 nepoznatih transkripata. Potvrđeni su feni za fosfat i citidiltransferazu 1, holin alfa (PYT1A), P21 (RAC1) aktivirana kinaza 2 (PAK2), melanotransferin (MFI2), veliki diskovi MAGUK proteinske skele 1 (DLG1) i 3-hidroksibutirat dehidrogenaze 1 (BDH1) a još sdam gena je implicirano s nekompletnim cDNK, a preostali hipotetski geni tek treba da budu potvrđeni eksperimentalno. Prezentacija sindroma mikrodelecije 3q29 pokazala je povećan rizik za shizofreniju. Susjedi gena PAK2 i DLG1 implicirani su zbog interakcije s neuroliginom i podjedinicom AMPA receptora GluR1. U 2015, Guida et al. identificirali su novu mutaciju proksimalno od 3q29 mikrodelecijske regije koja je u korelaciji s prezentacijom očno-ušnog pršljenskog spektra (OAVS). Research of Robertson et al. revealed the presence of FAM43A mRNA in the fetal cochlea and association with development of normal hearing function. Ovi nalazi ukazuju da bi varijacije u FAM43A mogle biti odgovorne za razvoj OAVS-a.
Promotor Vezivanje transkripcionog faktora se može videti ispod u okviru promotorske regije FAM43A, pretrage su završene na 500 bp koji prethodi start kodonu. + Kandidati faktora transkripcije i mjesta vezivanja "FAM43A" identificirana prema GenomatixuMatriksna porodica Detaljnija informacija o porodiciPoložaj sidraLanacSličnost matriksaSekvencaZICFZIC-porodica, Cerebelumski cinkov prst1912–0,931cggcgCAGCtgggcgNEURNeuroD, Beta2, domen HLH 1912+0,985cgcccaGCTGcgccgPLAGGen pleomorfnog adenoma 1919–0,931ggaggGCGCcccggcgcagctggEGRFEGR/inducirani protein C nervnog faktora rasta i srodni faktori1896–0.919ggcggcggCGGCggagcgcKLFSKruppeloliki transkripcijski faktori1796–0,941tagggagttGGGGggagggGCMFHorion-specifični transkripcijski faktori sa GCM DNK-vezujućim domenom1742–0.919attaCCCGcacctcSORYSOX/SORY spolno/testis determinifrajući i srodni faktori HMG-kutije1741+0.953agagAATTtacccgcacctcctgEBOXE-kutijski vezujuči faktori 1674+0,921gtgcgcgCGTGtctcccE2FFE2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa1549+0.905tgtgtGCGCgcgtgtctMTF1Metalno inducirani transkripcijski faktor1635+0,900ctttGCTCtcgccctETSFLjudski i mišji ETS1 faktori1565–0.934aaatgtcaGGAAaaaagctagFKHDFaktori viljuškastog domena1541–0,986cgcgtgcAAATaaagagINSNInsulinom-pridruženi faktori1462+0.926tgttaGGGGaccc
3' Netranslatirana regija Identificirana su mjesta vezanja mikroRNK a zatim upoređena sa konzervacijom tipova FAM43A da bi se odredile vjerovatne strukture petlje stabla 3' neprevedenog regiona (UTR) kao što je prikazano na desnoj strani. thumb|280px|Sekundarna struktura 3' UTR regije
Posttranslacijska modifikacija
Predviđeno je da je FAM43 jedarni protein, a identifikacirane funkcije, strukture i funkcije za LDL receptorski adapter proteina (LDLrP) je završena. Conserved residues Y52 and S93 are highlighted in the structure of LDLrP to the right. Identificirana su tri mjesta fosforilacije sa konzerviranjem između ljudskih i mišjih genotipova at T112-p, S114-p, and T-379-p. The translated protein contains a primary and secondary nuclear localization signal and has a predicted GPI-linkage site at D407, i mjesto cijepanja kaspaza 3 i 7 između aminokiselina 404–408 što ukazuje na moguću translokaciju sa ćelijske membrane u jedro. thumb|Domen interakcije LDLrP fosfotirozina sa istaknutim Y52 i S93.
Interakcija proteina
Direktna interakcija sa SRPK2 (SRSF protein-kinaza 2), serin/argininom bogatom protein-specifičnom kinazom, koja fosforilira supstrate na ostacima serinom bogatih arginin/serinskih dipeptida (RS domeni), uključenih u fosforilaciju SR faktora prerade i regulaciju prerade. SRSF protein-kinaza 2 promovira neuronskapoptoza|u apoptozu regulacijom ekspresije ciklina-D1 putem supresije fosforilacije p53/TP53. Protein-fosfataza 2A je jedna od četiri glavne Ser/Thr fosfataze, koje reguliraju negativnu kontrolu rasta i diobe ćelija. FAM43A pokazuje predviđenu interakciju s abelson (ABL) kinazom, a članovi ABL povezuju različite vanćelijske podražaje sa signalnim putevima koji kontroliraju rast ćelija, preživljavanje, invaziju, adheziju i migraciju.
Alijasi Interaktivnih proteina Puno ime Funkcija Tip interakcije SRPK2 Serin/arginin-bogata protein-specifična kinaza Fosforilira supstrate na RS domenima Direktna interakcija PPP2R5C Regulatorna podjedinica B'gama protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica 2A porodice B-fosfataze Fizičko pridruživanje PPP2R1B Skelna podjedinica A beta protein-osfataza 2AKonstantna regulatorna podjedinica protein-fosfataze 2 Fizičko pridruživanje PPP2R5D Regulatorna podjedinica B' delta protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A Fizičko priruživanje PPP2R5A Regulatorna podjedinica B'alfa protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A Fizičko priruživanje PPP2R5B Regulatorna podjedinica B'beta protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica B porodice fosfataza 2A Fizičko priruživanje PPP2R5E Regulatorna podjedinica B'epsilon protein-fosfataze 2A Regulatorna podjedinica B porodice fosfastaza 2A Fizičko priruživanje SNX6 Sortirajući neksin 6 Članovi sadrže phox (PX) fosfoinozitid-vezujući domen (unutarćelijski promet) Fizičko priruživanje
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 3 Kategorija:Ljudski geni Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika