vignette| Virus de grippe A, micrographie à transmission électronique de particules virales chargées négativement en passage tardif. (Source : Dr. Erskine Palmer, bibliothèque d’images du Centers for Disease Control and Prevention Public Health, image n°280). Date de création : 1981.

Le sous-type H5N1 du virus de la grippe A, appelée virus hautement pathogène H5N1 (Highly Pathogenic Avian Influenza IAHP H5N1) a été identifié pour la première fois chez des poulets en Écosse en 1959 et circule depuis à l’échelle mondiale. La première apparition connue de ce type de grippe chez les humains a eu lieu à Hong Kong en 1997. L’infection des humains a coïncidé avec une épizootie de grippe aviaire, causée par le même agent infectieux, dans les élevages de poulets à Hong Kong. Depuis près de 30 ans, le virus s’est propagé par vagues via les oiseaux migrateurs vers les hôtes aviaires terrestres et les espèces mammifères à travers le monde, conduisant à une diversité importante de lignées et de clades viraux évolutifs. Au début des années 2020, le virus hautement pathogène H5N1 clade 2.3.4.4b est devenu le virus hautement pathogène H5N1 dominant dans le monde. Le franchissement de la barrière d'espèce en Avril 2024 au Texas dans un troupeau de vache, par le virus hautement pathogène H5N1 du clade clade 2.3.4.4b avec génotype B3.13 et génotype D1.B1 dérivant du virus hautement pathogène H5N1portant le gène HA du clade 2.3.4.4b, atteignant les mammifères et particulièrement les vaches laitières aux USA soulignent l'importance d'une surveillance génomique pour évaluer le risque d'une transmission humaine et d'une contamination inter-humaine.

La contamination des poulaillers s'accompagne de perte économiques importantes. Les USA n'ayant pas recommandé la vaccination des volailles a procédé à l'abattage systématique des vollailes atteintes provoquant une hausse très importante du coût des œufs aux USA. La contamination des vaches laitières aux U.S.A a été marquée par un effondrement de la production laitière. Heureusement , le chauffage du lait de vache à 70 degrés détruit le virus.

La transmission du virus hautement pathogène H5N1à l'être humain est un événement rare mais avec un taux de létalité de 50% faisant de ce virus un des agents infectieux les plus redoutables pour l'espèce humaine. Début 2026, la contamination inter-humaine est toujours considéré comme exceptionnelle.

Le sous-type H5N1 fait référence aux types de deux antigènes présents à la surface du virus : l'hémagglutinine de type 5 et la neuraminidase de type 1. Le virus de la grippe A est un virus à ARN monocaténaire de polarité négative à génome segmenté (8 segments) qui appartient au genre Alphainfluenzavirus de la famille des Orthomyxoviridae.

vignette|250px|Représentation schématique du virus grippal A. Chez les oiseaux, il existe 16 sous-types de virus grippaux pour l’hémagglutinine. Seuls les sous-types H5 et H7 sont actuellement réputés hautement pathogènes chez les oiseaux.

Chez l’humain, les sous-types de virus grippaux pathogènes ou hautement pathogènes concernent essentiellement les porteurs des antigènes N1 et N2 (qui comprennent la grippe commune saisonnière, et dont proviennent les souches sélectionnées chaque année pour la fabrication des vaccins antigrippaux, le plus souvent du sous-type N2, mais pas encore pour ceux des sous-types H5 moins bien connus). Le virus A (H5N2) est endémique chez de nombreuses espèces d'oiseaux avec des foyers assez fréquents (et une mortalité élevée chez les oiseaux), cependant il est nettement moins pathogène pour l'être humain que le sous-type H5N1 et moins fréquent que les autres sous-types N1.

L'aspect dangereux des variétés H5N1 est lié au fait qu'elles combinent les deux sous-types H et N les plus pathogènes connus pour les humains. Une pandémie nécessiterait que la contagion ne puisse être contenue efficacement par la détection et le confinement de nombreux porteurs mobiles non encore malades au sein d'une population assez large et assez concentrée (notamment en milieu urbain). En comparaison, les foyers naissant en milieu rural (plus exposés aux migrations d'oiseaux sauvages contaminés) sont nettement plus faciles à contenir par des mesures sanitaires.

Les vaccins actuellement disponibles ne sont efficaces l’un que pour la grippe humaine (et sous certaines conditions), l’autre que pour la grippe aviaire. Ils ne sont donc a priori peu ou pas efficaces en cas de virus pandémique recombiné.

Outre le sous-type H5N1, les sous-types H5N6 et H5N8 sont des sous-types provoquant des infections mortelles pour l'homme.

Description du virus C'est un virus qui semble apte à la survie dans les milieux aquatiques ou humides complexes..

Historique Avant 2020

Carte mondiale des pays touchés par le virus H5N1 ()centré|500px|Pays touchés par le virus H5N1 → Pays dont la volaille ou les oiseaux ont été atteints. → Pays dont la population humaine a été atteinte.

En 2008, le H5N1 est un virus qui cause principalement un type de grippe aviaire (parfois appelé « grippe du poulet », même si elle n'atteint pas que ce volatile). Ce virus est réputé se transmettre d’un oiseau à un autre par contact direct (par exemple lorsque les couples d’oiseaux régurgitent leur nourriture pour l’échanger) ou indirect (lorsqu'ils entrent en contact avec leurs excréments sur l'eau, le lieu de nidification, etc.). De 1997 à 2005, le H5N1 n'a presque uniquement infecté que des oiseaux (volailles essentiellement) en restant confiné à l'Asie du Sud-Est.

La transmission diffusion du virus semble essentiellement due au commerce des volailles, mais les oiseaux sauvages joueraient un rôle potentiellement important si le virus mutait en restant contagieux chez l'oiseau et en le devenant chez l'humain.

Selon une étudeétude néerlandaise dirigés par Juthatip Keawcharoen au centre médical Érasme de Rotterdam, spécialisé dans l’étude du H5N1(Emerging Infectious Diseases, avril 2008 ; annoncée le 24 mars 2008 par Bloomberg) publiée en 2008, 6 espèces de canards sauvages ont été testées pour mesurer combien de temps ces oiseaux pouvaient excréter le virus sans succomber à la maladie (après avoir été expérimentalement infectés) ; le canard colvert semble le meilleur véhicule du virus à longue distance (les 5 autres espèces testées sont rapidement mortes du virus et/ou ont développé des symptômes nuisant à leur migration ou survie normale). Dans ce cas, le colvert a été la seule espèce à excréter abondamment le virus sans symptômes.

Ces chercheurs suggèrent donc que, parmi les oiseaux sauvages, le colvert soit prioritairement suivi par les programmes écoépidémiologiques, car la souche H5N1 s'est en 2008 déjà propagée à plus de 60 pays (via le commerce de volailles et probablement bien moindrement la circulation des oiseaux sauvages), et la plupart des pays peuvent abriter tout ou partie de l’année des populations de colverts (sauvages, domestiques, semi-domestiques).Cet oiseau, le plus abondant des canards sauvages en Europe (estimation : environ 9 millions d’individus en Europe de l’ouest), est le plus chassé et, étant le plus tolérant à la présence humaine, il est aussi présent dans les espaces publics et basses-cours. D’autres canards, et des oies, cygnes et mouettes jouent aussi un rôle écoépidémiologique estiment les chercheurs, et on peut les suivre comme « sentinelles » (Chez certains, le H5N1 provoque une grippe « neurologique » affectant leur capacité à nager et voler (les forçant par exemple à nager compulsivement en cercle).Le H5N1 pouvant infecter de nombreux organes, dont le cerveau, les chercheurs recommandent au moins un frottis de la gorge et du cloaque pour tester les oiseaux vivants, mais aussi une analyse des organes internes (cerveau, pancréas, foie, rein et rate dans le cas où l’animal est déjà mort de mort suspecte ou dans le cas d’une veille écoépidémiologique).

Histoire de la détection du H5N1 Le H5N1 a d'abord été détecté chez quelques oies en Chine en 1996. Quelques cas humains de H5N1 (une variété de grippe de type A) ont été constatés une première fois en 1997 à Hong Kong. La souche H5N1 n’a pas été, comme certains l’ont rapporté de façon erronée, isolée pour la première fois en Afrique du Sud en 1961 (la souche isolée par W.B. Bekker en 1961 était de type H5N3), mais en Écosse en 1959. Le H5N1 HP (hautement pathogène) est le plus souvent très contagieux parmi les oiseaux et provoque des symptômes très sévères, souvent fatals (de 50 % à 80 %), avec de fortes différences de sensibilité selon l'espèce d'oiseau concernée.

Premières émergences en Asie orientale et du Sud-Est La majorité des cas du virus H5N1 a été signalée en Extrême-Orient et en Asie du Sud-Est. Une fois qu’une émergence est détectée, les autorités locales ordonnent souvent une extermination massive des oiseaux et des espèces animales affectées. Si ceci est réalisé très rapidement, le risque d’explosion contagieuse de grippe aviaire peut être contenu. Cependant, l’OMS a exprimé des inquiétudes sur le fait que tous les pays ne communiquent pas les émergences contagieuses aussi complètement qu’ils le devraient. La Chine, par exemple, est connue pour avoir officiellement nié les émergences passées du SRAS et du SIDA.

Au-delà des conditions de promiscuité dans les fermes et marchés animaux, le cas des oiseaux migrateurs est très préoccupant. Durant l’été 2005, des émergences de H5N1 ont été détectées dans le Nord-Ouest de la Chine et la Russie non-européenne. Les médias et certains officiels gouvernementaux européens ont exprimé leur crainte que le virus se dirige vers l’ouest.

La souche H5N1 de grippe aviaire est passée des oiseaux aux humains en 1997 à Hong Kong. Dix-huit personnes furent infectées, dont six sont décédées. La contagion fut limitée à Hong Kong, lorsque tous les poulets du territoire furent exterminés.

En , une nouvelle émergence de grippe aviaire H5N1 a fait surface dans l’industrie avicole du Viêt Nam et de Thaïlande, avant de se propager en quelques semaines vers dix régions ou pays d’Asie comprenant l’Indonésie, la Corée du Sud, le Japon, et la Chine continentale.

Des mesures intensives ont été prises pour exterminer les poulets, canards et oies (rien que pour les poulets, plus de 40 millions ont été éliminés dans les zones hautement infectées) et la contagion a été contenue en mars, mais le décompte total des morts humaines au Vietnam et en Thaïlande a atteint le chiffre de 23 personnes.

Les nouveaux cas de contagion dans la volaille ont été confirmés dans les provinces de Ayutthaya et Pathumthani en Thaïlande et dans la ville de Chaohu dans la région chinoise de Anhui en .

En , la grippe aviaire a été confirmée à Kampung Pasir dans le Kelantan en Malaisie. Deux poulets furent confirmés porteurs du H5N1. Par suite, Singapour a imposé une interdiction d’importation des produits malais à base de poulets et volailles. De façon similaire, l’Union européenne a imposé le bannissement de ces mêmes produits malais. L’élimination de toute la volaille a été ordonnée par le gouvernement malais dans un rayon de autour des lieux d’émergence contagieuse. Ces mesures semblent avoir réussi et depuis lors, Singapour a levé l’interdiction et la Malaisie a demandé à l’Office international des épizooties (OIE) de déclarer la volaille malaisienne exempte de grippe La Malaisie se déclare désormais exempte de grippe aviaire, article d’actualité sur Yahoo News India, le ..

Une autre émergence de grippe aviaire en a touché 33 des 64 cités et provinces du Viêt Nam, conduisant à l’élimination forcée de près de 1,2 million de volailles. On estime que plus de 140 millions d’oiseaux sont morts ou ont été tués à cause de l’émergence contagieuse.

En , la plupart des cas humains de grippe aviaire en Asie orientale sont attribués au contact rapproché avec des volailles infectées. La transmission de personne à personne n’a pu être confirmée dans l’Est de l’Asie.