La saison 2005-2006 de l'Olympique lyonnais est la cinquante-sixième de l'histoire du club. L'OL accueil un nouvel entraîneur, Gérard Houllier qui remplace Paul Le Guen après trois saisons, et trois titres de champion de France. Le président Jean-Michel Aulas fixe comme objectif à son nouvel entraîneur le « pilotage de la Formule 1 lyonnaise » et le gain d'un nouveau championnat.
Finalement, le cinquième sacre en championnat est remporté par l'Olympique lyonnais, ainsi qu'une quatrième victoire dans le Trophée des champions en début de saison. Cette saison est également marquée par les écarts importants entre l'OL et ses adversaires en championnat. Il termine ainsi la saison avec quinze points d'avance sur le dauphin, Bordeaux et le titre honorifique de meilleure attaque du championnat avec . En Ligue des champions, le club atteint les quarts de finale et s'arrête face au Milan AC.
Histoire Nouvel entraîneur Le départ volontaire de Paul Le Guen oblige le club à chercher un nouvel entraineur. Il s'agit de Gérard Houllier. Son adjoint, Patrice Berguespage 84 est désigné en juin. La mise en place de ce nouveau duo permet au staff de se pencher sur l'effectif qui jouera sous la maillot lyonnais lors de cette saison.
Dès le , Michael Essien prolonge son contrat dont la durée est repoussée jusqu'à page 85. Deux semaines plus tard, le club conclut le transfert de Benoît Pedretti pour un contrat de quatre ans dont les indemnités sont de sept millions d'euros pour l'Olympique de Marseillepage 91 puis celui de Sylvain Monsoreau acheté à Sochaux pour cinq millions d'euros. Le , le club réussit à conclure le transfert de l'attaquant John Carew pour sept millions d'eurospage 93. Du côté des départs, le jeune Bryan Bergougnoux n'est pas conservé à Lyon puisqu'il quitte le club le pour le club de Toulouse. La fin du mois de juin marque également le début de la saison des entraînement avec un premier stage dans la station de Tignes.
Sur le plan médiatique, l'OL et la chaîne locale Télé Lyon Métropole signent un contrat de collaboration à valoir sur trois anspage 97. Il permet à la chaîne d'effectuer des flashs infos quotidiens sur le club lyonnais. Après le stage, l'Olympique lyonnais débute la période des matchs amicaux. Le premier se joue contre le club de Dijon, et se termine sur un score de un but partout. Malgré la prolongation de contrat de Michael Essien, l'OL reçoit des offres de transfert pour son joueur. Celle de Chelsea, le , est de vingt huit millions d'euros, mais malgré le premier refus de Jean-Michel Aulaspage 98, l'affaire se conclut pour un montant de trente huit millions d'euros. Avant de jouer la Peace Cup, l'OL effectue un second match amical contre le Slavia Prague. Un autre départ est enregistré à Lyon, celui du jeune Yohan Gomez qui signe à Bastiapage 101.
La compétition amicale de la Peace Cup débute le pour un match contre Once Caldas. Les deux équipes se séparent sur un match nul un partoutpage 99 et voit Mickaël Essien, lassé du refus de son club de ne pas le laisser partir, se faire expulser. Le second match permet à l'OL de s'imposer par deux buts à un, grâce à un doublé de John Carew, face au club de Seohngham Lihawa, mais Éric Abidal se blesse et est contraint de rentrer à Lyon se faire soignerpage 100. Le troisième match contre le PSV Eindhoven se conclut également par un match nul, mais l'OL se qualifie pour la finale grâce à sa meilleure différence de buts. Ce match se joue contre Tottenham le et se conclut par une défaite trois buts à un.
L'OL prend en main le championnat vignette|Lors du match OM-OL
Le début officiel de la saison est marqué par le match du Trophée des champions, le , qui oppose le vainqueur du championnat de la saison précédente contre celui de la Coupe de France. L'OL affronte l'AJ Auxerre et s'impose par quatre buts à unpage 103. L'ouverture du championnat a lieu quatre jours plus tard avec un match contre Le Manspage 104. Ce match est l'occasion pour l'Olympique lyonnais de remporter une première victoire. Le nouvel attaquant du club, John Carew marque le but de la victoire à la cinquante huitième minutes du match. Ce même joueur est également l'auteur du seul but lors du match contre Strasbourg lors de la deuxième journéepage 110 et du but du match nul contre l'Olympique de Marseille le match suivantpage 112.
La période des transferts se terminant à la fin du mois d'août, l'OL accélère les négociations pour le recrutement de nouveaux joueurs. Le milieu de terrain Portugais Tiago est en provenance de Chelsea et signe son contrat le page 118. Il déclare que sa motivation pour sa venue dans le club lyonnais est de « gagner la Ligue des championspage 123. ». D'autres discussions ont lieu pour le venue d'un nouvel attaquant. Il s'agit de Fred, le joueur du club brésilien de Cruzeiro.
En championnat, le club gagne trois nouveaux matchs contre Nancy, Auxerre et Monaco avant de commencer la Ligue des champions. Le premier match a lieu le au stade de Gerland contre le Real Madridpage 127. sont présents dans le stade, malgré les absences de Zinédine Zidane et Ronaldo pour accueillir l'un des plus grands clubs européens avec neuf victoires dans la compétitionpage 136. Trois buts de John Carew, Juninho et Sylvain Wiltord permettent au club de s'imposer et de prendre la première place de leur groupe. Le retour en championnat chez les Girondins de Bordeaux se conclut par un match nul un but partoutpage 129 grâce au troisième but de la saison de Sylvain Wiltord, puis un nouveau match nul contre Lens au stade de Gerlandpage 131. Ce match est l'occasion pour Claudio Caçapa de jouer son centième match en première division française.
Victoires en championnat mais défaite en Coupe de la Ligue vignette|gauche|Contre Rosenborg Lors des huit premiers matchs, l'Olympique lyonnais a remporté cinq victoires et obtenue trois matchs nuls. Son début dans la compétition lui permet d'espérer conserver son titre. En Ligue des champions, après sa victoire sur le Real Madrid, il est également leader de son groupe. Pour préparer son second match, les Lyonnais affrontent le FC Nantes en championnat. Le but de la tête par Fred en fin de rencontre leur permet de gagner le match. Le , les joueurs se déplacent sur le terrain de Rosenborgpage 135. En fin de première mi-temps, le défenseur Cris marque le but de la seconde victoire en deux matchs dans la compétition, puis une troisième victoire contre l'Olympiakos le page 144. En championnat, lors des six matchs suivants, quatorze buts sont marqués, ce qui leur permet d'empocher autant de victoires et de conforter leur place de leader.
Les performances des joueurs Lyonnais les placent au devant de la scène sportive. Beaucoup de joueurs de l'effectif sont appelés dans les sélections nationales. Lors d'un match amical de l'Équipe de France à jouer contre le Costa Rica en Martinique, sept joueurs sont appelés. Mais Gérard Houllier s'insurge du déplacement d'un tel nombre de ses joueurs pour un match amical, alors que le sélectionneur national ne souhaite pas de compromis, il dit : « Je vais avoir six ou sept joueurs concernés, je suis en droit de m'exprimer. ». Cette rencontre est le fruit d'une polémique post-match à la suite de la blessure de l'arrière Éric Abidal contraint d'être écarté des terrains pendant douze semaines.
Le , l'Olympique lyonnais se rend à Nantes pour son entrée en Coupe de la Liguepage 147. Les Canaris tiennent la victoire jusque dans les arrêts de jeu, mais Sidney Govou égalise. Les deux équipes ne peuvent se départager lors des prolongations et sont obligés de jouer les tirs au but. Les tirs ratés de John Carew et Florent Malouda permettent au Nantais de s'imposer. Le , lors de son déplacement en Grèce, l'OL a l'occasion d'obtenir sa qualification pour le huitièmes de finale en cas de victoire. Dès le troisième minutes, Babangida trompe Grégory Coupet et permet au club local de prendre l'avantagepage 153. Mais le jeu lyonnais se met en place et Juninho, à la , puis John Carew avant la mi-temps inverse la tendance. Lors de la seconde mi-temps, un nouveau but de John Carew puis un autre de Mahamadou Diarra permette la victoire et l'assurance d'une qualification pour l'Olympique lyonnais.
Peu de mouvement à la trêve vignette|Le stade du Real Madrid La forme de l'attaque lyonnaise ne permet à Pierre-Alain Frau d'obtenir le temps de jeu qu'il désirepage 159 car les performances de Fred et John Carew incitent Gérard Houllier à privilégier ces deux attaquants. Des discussions débutent en vue d'une possibilité de prêt, et le club du RC Lens se dit intéressé. Dès la fin du mois de novembre, Pierre-Alain Frau n'est plus sélectionné, notamment pour le match contre Madrid en Ligue des championspage 161.
Assuré de sa qualification, le club se déplace en Espagne pour jouer la première place de son groupe, une place qui lui offre l'avantage d'effectuer le match retour des huitièmes de finale à domicile. En France, deux millions et demi de téléspectateurs sont présents devant le match retransmis par Canal+page 162. Guti, pour Madrid, est le premier marqueur du match, mais le but John Carew grâce à une talonnade oblige les équipes à se séparer sur un match nul. De retour en championnat, et malgré leurs sept victoires d'affilée, les Lyonnais se déplacent à Nice. Après avoir encaissé un but en début de match, Sidney Govou égalise. En fin de match, un jeune joueur fait sa première apparition sous le maillot lyonnais avant même d'obtenir ses dix-huit ans. Il s'agit de Karim Benzema. Les trois matchs suivants de cette première partie de championnat se concluent par deux victoires et un match nul contre l'AS Saint-Étiennepage 173. Juste avant la trêve, l'Olympique lyonnais reçoit Lille. Pris de vitesse après un but dès la neuvième minute, les Lyonnais ne réussissent pas à revenir au score et s'inclinent pour la première fois de la saison par trois buts à unpage 175.
Après quelques jours de congés pour les fêtes de fin d'année, la seconde partie du championnat débute le . Un déplacement à Strasbourg attend l'OL, et un triplé de Sylvain Wiltord plus un but de Jérémy Berthod permettent une victoire par quatre buts à zéropage 11. Quelques jours plus tard, les Lyonnais effectuent leur entrée dans la compétition de la Coupe de France. Comme pour le match précédent, une victoire par quatre buts à zéro contre Grenoble leur assure la victoire. Les jeunes joueurs, Karim Benzema et Hatem Ben Arfa marquent deux et un buts.
Sur le plan des transferts, le suisse Patrick Müller est recruté le page 19. Il effectue un retour dans le club auquel il avait déjà effectué plusieurs saisons. Sur le plan des départs, des joueurs sont cédés sous forme de prêt, Pierre-Alain Frau pour le Racing Club de Lens, Johann Truchet pour le Reims et Julien Viale pour le FC Istres.
Résultats en baisse
À la fin du mois de janvier, le ministre des sports Jean-François Lamour annonce que l'interdiction d'entrée en bourse des clubs sportifs est officiellement levéepage 21. Il impose comme condition que chaque club intéressé soit propriétaire de ses infrastructures. C'est une avancée pour l'Olympique lyonnais qui souhaite pouvoir s'engager sur les places boursières et lui permettre d'investir dans de nouveaux projets. Jean-Michel Aulas souhaite notamment la construction d'un nouveau stade. Il souhaite une installation moderne dont le modèle provient de l'Emirates Stadium, le stade du club d'Arsenal. À la fin du mois de mars, le président souhaite installer le grand stade à Vénissieux, sur le terrain du Puisoz dont les propriétaires sont des investisseurs américainspage 44.