Les transports dans le département français de l'Yonne sont principalement organisés autour de l'un des axes de communication principaux du territoire français, celui qui relie l'Île-de-France à la vallée du Rhône, et qui traverse le département du nord-ouest au sud-est. Les routes nationales 5 et 6 et la ligne de Paris-Lyon à Marseille-Saint-Charles assuraient ainsi une desserte de qualité à de nombreux bourgs d'un département pourtant rural et peu peuplé. En revanche, le département de l'Yonne bénéficie peu des infrastructures plus récentes, autoroutes A6 et A5 et LGV Sud-Est, qui le desservent peu — 9 échangeurs sur les d'autoroutes du département — ou pas — aucune desserte TGV.
Transport routier
Infrastructures routières
L'Yonne était traversée par la route nationale 6, l'un des plus importants axes routiers de France avant la construction des autoroutes, qui reliait Paris à Lyon et au sud-est et était équipé de nombreuses voies de dépassement et contournements d'agglomérations. Cette route a été déclassée en route départementale 606 et son trafic, qui reste important, est principalement régional et local : elle passe dans ou à proximité des six communes les plus peuplées du département, soit du nord au sud Sens, Villeneuve-sur-Yonne, Joigny, Migennes, Auxerre et Avallon..
Les principaux axes routiers du département sont aujourd'hui les autoroutes : A6, qui a remplacé la RN 6 pour les circulations entre Paris et le Sud-Est et qui dessert notamment Auxerre et Avallon, A5, construite en partie dans le but de doubler l'A6 saturée, qui dessert notamment Sens avant de se diriger vers Troyes, A19, qui relie les deux premières au niveau de Sens et se poursuit vers Montargis et Orléans.
Ces autoroutes, toutes concédées et payantes, ont en commun un faible nombre d'échangeurs avec le réseau routier local : il y a ainsi souvent plus de entre deux échangeurs.
+ Identifiant Origine Principales agglomérations desservies dans le département Fin Remarques Autoroute A5 Francilienne à Carré Sénart Sens, Villeneuve-l'Archevêque Autoroute A31 près de Langres Autoroute concédée et payante à 2x2 voies. Autoroute A6 Autoroutes A6A et A6B à Wissous au sud de Paris Auxerre, Avallon Route métropolitaine 6 à Dardilly au nord de Lyon Autoroute entièrement concédée et payante dans le département, à 2x3 voies entre l'échangeur de l'A19 et la sortie 19 (Auxerre-Nord), à 2x2 voies ailleurs. Autoroute A19 Autoroute A5 à La Chapelle-sur-Oreuse près de Sens Sens Autoroute A10 à Chevilly près d'Orléans Autoroute concédée et payante à 2x2 voies. Route nationale 5 Paris-Porte de Charenton Villeneuve-la-Guyard, Pont-sur-Yonne, Sens, Cerisiers, Saint-Florentin, Tonnerre, Ancy-le-Franc Frontière suisse vers Martigny(après un premier passage par la Suisse au niveau de Genève) Déclassée en RD 905 dans les années 1970 entre Sens et Dijon ; la section Paris - Sens, qui jusque-là portait la dénomination de RN 5, est alors renommée en RN 6. Route nationale 5BIS Route nationale 19 à Brie-Comte-Robert Sens, Villeneuve-sur-Yonne, Joigny, Migennes, Brienon-sur-Armançon Route nationale 5 à Avrolles près de Saint-Florentin En tronc commun avec la RN 5 de Montereau-Fault-Yonne à Sens. Le tronçon de cette route situé dans l'Yonne entre Sens et Avrolles a été repris dans les années 1930 par les RN 6 et 443, puis déclassé dans les années 1970 et en 2006. Route nationale 6 Autoroute A6 à Gurgy près d'Auxerre(avant 2006 : Paris-Porte de Charentonet jusqu'aux années 1970 : Sens, le tronçon Paris-Sens étant numéroté RN 5) (avant 2006 : Villeneuve-la-Guyard, Pont-sur-Yonne, Sens, Villeneuve-sur-Yonne, Joigny, Appoigny)Auxerre,(avant 2006 : Vermenton, Avallon) Route nationale 65 à Auxerre(avant 2006 : frontière italienne vers Turin) Déclassée en 2006 en RD 906 dans le département, sauf une courte section entre l'A6 et Auxerre et la rocade d'Auxerre qui reste classée dans le réseau routier national. Route nationale 60 Châteauneuf-sur-Loire (avant 1972) ou Orléans (après 1972) Sens, Villeneuve-l'Archevêque Toul (avant 1972) ou Troyes (après 1972) Déclassée en 2006 en RD 660. Route nationale 65 Autoroute A6 à Venoy près d'Auxerre(jusqu'aux années 1970 : Neufchâteau) (jusqu'aux années 1970 : Tanlay, Tonnerre, Chablis)Auxerre,(jusqu'aux années 1970 : Toucy, Saint-Fargeau) Route nationale 6 à Auxerre(jusqu'aux années 1970 : Bonny-sur-Loire) Déclassée dans les années 1970 en RD 965, sauf une courte section entre l'A6 et Auxerre qui reste classée dans le réseau routier national. Route nationale 77 Auxerre(jusqu'aux années 1970 : Nevers) (jusqu'aux années 1970 : Courson-les-Carrières)Auxerre, Saint-Florentin Troyes(avant 2006 : Châlons-en-Champagneet jusqu'aux années 1970 : frontière belge vers Bouillon) Le tronçon situé entre Clamecy et Auxerre, en tronc commun avec la RN 151, a pris le nom de celle-ci dans les années 1970. Le tronçon Auxerre - Troyes est toujours classé dans le réseau routier national. Route nationale 146 Autoroute A6 (sortie 22) à Sauvigny-le-Bois près d'Avallon Route nationale 6 à Magny près d'Avallon Courte route de raccordement entre l'A6 et la RN 6, déclassée en RD 646 à une date inconnue. Route nationale 151 Châteauroux(avant 2006 : Poitiers) Depuis les années 1970 : Courson-les-Carrières(jusqu'aux années 1970 : Vézelay) Auxerre(jusqu'aux années 1970 : route nationale 6 à Givry, vers Avallon) Déclassée dans les années 1970 en RD 951 à l'est de Clamecy. La RN 151 reprend alors le tronçon Clamecy - Auxerre de la RN 77, qui reste classé jusqu'à ce jour dans le réseau routier national. Route nationale 360 Route nationale 6 au nord de Sens Sens Route nationale 6 au sud de Sens Nom porté par l'ancienne RN 6 au niveau du centre-ville de Sens après que celle-ci a été déviée par l'extérieur de la ville. Déclassée en 2006 en RD 906B. Route nationale 376 Route nationale 375 à Jutigny, vers Provins Route nationale 6 à Pont-sur-Yonne Déclassée dans les années 1970 en RD 976. Route nationale 439 Sens Thorigny-sur-Oreuse Route nationale 51 à La Motte-Tilly près de Nogent-sur-Seine Déclassée dans les années 1970 en RD 939. Route nationale 443 Montargis Dicy, Joigny, Migennes, Brienon-sur-Armançon, Saint-Florentin Brienne-le-Château Déclassée dans les années 1970 en RD 943. Route nationale 444 Troyes Tonnerre, Avallon Château-Chinon Déclassée dans les années 1970 en RD 944. Route nationale 450 Pithiviers Charny, Toucy, Courson-les-Carrières Route nationale 6 à Voutenay-sur-Cure, vers Avallon En tronc commun sur une quarantaine de kilomètres avec les RN 60 et 443. Déclassée dans les années 1970 en RD 950. Route nationale 452 Tonnerre Arthonnay Route nationale 71 à Celles-sur-Ource, vers Bar-sur-Seine Déclassée dans les années 1970 en RD 952. Route nationale 453 Route nationale 5 à Nuits Ravières Les Riceys Déclassée dans les années 1970 en RD 953. Route nationale 454 Route nationale 6 à Cussy-les-Forges près d'Avallon Recey-sur-Ource Déclassée dans les années 1970 en RD 954. Route nationale 455 Joigny Aillant-sur-Tholon, Toucy, Saint-Sauveur-en-Puisaye Bourges Déclassée dans les années 1970 en RD 955. Route nationale 456 Route nationale 6 à Augy près d'Auxerre Noyers Route nationale 5 à Aisy-sur-Armançon, vers Montbard Déclassée dans les années 1970 en RD 956. Route nationale 457 Route nationale 7 à Neuvy-sur-Loire Vézelay, Avallon, Montréal Route nationale 456 à Aisy-sur-Armançon, vers RN 5 et Montbard Déclassée dans les années 1970 en RD 957. Route nationale 458 Route nationale 151 à Vézelay Route nationale 78 à Sauvigny-les-Bois près de Nevers Déclassée dans les années 1970 en RD 958.
Transport collectif de voyageurs
L'Yonne est desservie par le réseau régional de transport routier Mobigo, qui compte une vingtaine de lignes régulières dans le département.
Covoiturage et autopartage
Transport ferroviaire Historique
La première ligne de chemin de fer de l'Yonne, et qui reste jusqu'à nos jours son axe structurant, est la ligne « impériale » de Paris à Lyon et Marseille, ouverte entre 1849 et 1851 dans le département. La gare de Laroche - Migennes, à l'origine de l'embranchement vers Auxerre ouvert en 1855, mais surtout située à mi-chemin entre Paris à Dijon à une époque où les locomotives à vapeur ne pouvaient parcourir cette distance sans arrêt, sera à l'origine de la transformation du village de Migennes en une importante ville cheminote. La ligne Paris-Marseille sera quadruplée dans les années 1920-1930 jusqu'à Saint-Florentin, faisant de Paris - Saint-Florentin le plus long tronçon à quatre voies du réseau ferroviaire français, puis électrifiée dès 1949-1950.
À côté de la ligne impériale, de nombreuses lignes moins importantes complètent progressivement le réseau d’intérêt général du département, développé par la Compagnie des chemins de fer de Paris à Lyon et à la Méditerranée (PLM). À la fin du , le chemin de fer d’intérêt général atteignait la plupart des villes et bourgs du département, dont Auxerre-Saint-Gervais, Avallon, Charny, L'Isle-sur-Serein, Joigny, Pont-sur-Yonne, Saint-Florentin, Saint-Fargeau, Sens, Tonnerre, Toucy et Villeneuve-l'Archevêque.
L'Yonne a également été desservie par quelques lignes de chemins de fer d’intérêt local. Le « tacot du Serein » relie Laroche - Migennes à L'Isle-sur-Serein par Chablis et Noyers à partir de 1887. Les Chemins de fer d'intérêt local de l'Yonne ouvrent entre 1901 et 1914 plusieurs lignes entre Sens et la Seine-et-Marne et entre Joigny, Toucy et Auxerre. Les Chemins de fer départementaux (CFD), qui reprennent ce réseau en 1923, le complètent à la fin des années 1920 par des lignes reliant Sens à Villeneuve-l'Archevêque et Nogent-sur-Seine. Toutes ces lignes fermeront entre 1938 et 1951.
L'ouverture de la LGV Sud-Est en 1981-1983 entraîne l'arrêt de la circulation de trains de longue distance sur la ligne classique Paris-Marseille. Un TGV « Melun Yonne Méditerranée » circule à partir de 1999 et permet une desserte de Lyon, Marseille voire Montpellier largement améliorée depuis Sens et Laroche-Migennes, mais est abandonné en 2011 faute de fréquentation.
Situation actuelle
La gare la plus fréquentée est Sens avec , suivie d'Auxerre-Saint-Gervais, Laroche - Migennes et Joigny dont la fréquentation annuelle est comprise entre et en 2019.. La gare de Sens, située à une heure de Paris, a une activité essentiellement marquée par les liaisons pendulaires entre la capitale et la région sénonaise.
Les deux lignes principales traversant l'Yonne sont la ligne de Paris-Lyon à Marseille-Saint-Charles, qui concentre l'essentiel du trafic TER Bourgogne-Franche-Comté et qui est bien équipée — électrification en courant continu 1500 V et quatre voies jusqu'à la gare de Saint-Florentin - Vergigny, deux au-delà — et la LGV Sud-Est, qui voit circuler un dense trafic de TGV inOui et Ouigo mais ne dessert aucune gare dans l'Yonne.
De la ligne classique Paris-Marseille se sépare en gare de Laroche - Migennes un embranchement non-électrifié vers Auxerre ; au-delà d'Auxerre, cet embranchement se prolonge par deux branches vers Avallon et Corbigny, au trafic modeste.
+ Ligne de Combs-la-Ville à Saint-Louis (LGV)(LGV Sud-Est) Ligne à grande vitesse, à double voie électrifiée en courant alternatif 25 kV 50 Hz, destinée uniquement aux trains de voyageurs. Raccordement de Pasilly à Aisy Raccordement entre la LGV Sud-Est et la ligne classique Paris-Marseille juste avant Montbard, à double voie électrifiée en courant alternatif 25 kV 50 Hz, destiné uniquement aux trains de voyageurs. Ligne de Paris-Lyon à Marseille-Saint-Charles Ligne impériale, électrifiée en courant continu 1500 V, ouverte aux trafics de fret et de voyageurs. Quatre voies jusqu'en gare de Saint-Florentin - Vergigny, deux au-delà. Ligne de Laroche-Migennes à Cosne De Laroche - Migennes à Chemilly - Appoigny : double voie non-électrifiée, ouverte aux trafics de fret et de voyageurs. De Chemilly - Appoigny à Clamecy (Nièvre) : voie unique non-électrifiée, ouverte aux trafics de fret et de voyageurs.