thumb|upright=1.5|L'hôtel de ville d'Arles achevé en 1675.
L'Ancien Régime arlésien commence peu après le rattachement de la Provence à la France. Déchue de tout rôle politique au profit d'Aix, la cité subit de nombreuses épreuves telles que les épidémies de pestes et les Guerres de religion, mais se transforme finalement peu pendant ces trois siècles. Si on note une floraison du bâti de prestige tant religieux que privé, socialement la communauté arlésienne reste une société agricole, dominée par une noblesse nombreuse et riche jusqu'à la Révolution.
1500-1536 : Arles devient française
L'annexion d'Arles au royaume de France se fait sans grande difficulté politique. Toutefois ce rattachement qui se déroule dans un contexte particulier lié aux éléments naturels (débordements du Rhône et épidémies) et à la politique (guerres d'Italie) entraîne de grandes difficultés financières pour la cité.
Un rattachement bien accueilli Dès 1503, des délibérations du conseil sont écrites en français et non plus en provençal comme auparavantÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1891 , pages 86-89 : Le 4 juin 1503, nomination du notaire André Béguin à l'emploi de secrétaire du Conseil de la Communauté. C'est lui qui le premier rédigea en langue française les délibérations qui, jusque là, étaient écrites en provençal. Béguin succédait en cette charge au notaire Gilles Candeleri, tué d'un coup d'épée, quelques jours auparavant (le 27 mai), par son collègue Mathieu Bompar.. Puis en 1515, les Arlésiens envoient une ambassade au roi François sacré le , pour renouveler leur serment de fidélité. François passe lui-même à Arles au début de 1516Émile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1889 , page 14 : Le 31 janvier 1516, le roi François visite la ville d'Arles, où il est accueilli magnifiquement. lors de son retour d'Italie : il est accueilli magnifiquement et visite les monuments romains. Il reviendra plusieurs fois dans la cité, en 1533 et 1537. En septembre 1535, l'Édit de JoinvilleHenri Martin - Histoire de France, depuis les temps les plus reculés jusqu'en 1789, page 269 ici : L'édit de Joinville (septembre 1535) avait réorganisé l'ensemble des divers degrés de juridiction dans la Provence et statué que les appels des tribunaux inférieurs (vigueries) et des tribunaux des seigneurs ressortiraient au grand sénéchal siégeant à Aix ou à ses quatre lieutenants siégeant à Draguignan, Digne, Arles et Forcalquier, les appels du sénéchal et de ses lieutenants ressortissant à leur tour au parlement de Provence (le grand sénéchal était en même temps amiral de Provence et avait juridiction sur les gens de mer). Un chancelier de Provence, avec sceau particulier, fut établi auprès du parlement de Provence, à l'instar de ce qui existait près des autres parlements. Les évêques provençaux furent exclus du parlement. divise la Provence en cinq sénéchaussées, dont celle d'ArlesSénéchaussées d'Aix-en-Provence, Arles, Draguignan, Digne et Forcalquier, pour rapprocher des sujets des représentants du pouvoir. L'année suivante le , les Arlésiens qui s'étaient déjà préparés en 1524Émile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1890 , pages 85–88 : Le 21 juin 1524, le Conseil, vu les grands besoins de la ville, pour l'entretien de la garnison, la réparation des remparts et les mesures à prendre contre la peste, délibère que chaque conseiller fera, selon ses facultés, quelques avances de fonds à la caisse communale. à un siège face aux troupes de l'Empire, témoignent de leur attachement à leur récente patrie en arrêtant la seconde invasion de la Provence conduite par Charles Quint.
Un environnement hostile En ce début de siècle, le Rhône est un voisin dangereux. Le , la Camargue est submergéeÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1891 , pages 180-184., puis en novembre 1511, la chaussée de la Corrège se rompt, comme celle de la digue Baussenque en 1522Émile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, , page 183.. Et le , le territoire arlésien est à nouveau totalement dévastéÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1891 , pages 171-174.. La peste apparaît en juin 1523 et fait des ravages dans ArlesÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1890 , pages 85-88.. En 1524, puis en 1526, l’épidémie toujours latente, oblige le conseil de la communauté à prendre de nouvelles mesures de précautionÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1890 , pages 29-32..
Mais à cette époque, les difficultés proviennent essentiellement de l’insécurité liée aux guerres d’Italie. Dès le , la ville fait le dénombrement des hommes en état de porter les armes pour la défense de la ville, et en trouve 2200. Pour se prémunir contre tout enrôlement abusif, les gardiens de taureaux de Camargue fondent la Confrérie de Saint-Georges, dans l'église de ce nom le de cette même annéeÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1891 , pages 103-105.. En 1521, la ville des Saintes-Maries-de-la-Mer demande de l’aide pour se prémunir contre des pirates turcsJean-Maurice Rouquette (sous la direction de) - ARLES, histoire, territoires et cultures, pages 481-482., puis vers 1526, la cité craint l'arrivée de Sinan le Juif un des lieutenant du corsaire BarberousseJean-Maurice Rouquette (sous la direction de) - ARLES, histoire, territoires et cultures, pages 482.. L'année suivante, le , sur l'avis que des voiles barbaresques se sont montrées dans les parages, le conseil décide de renforcer de « huit bons hommes » et d'une pièce de canon la garnison de la tour du Balouard, aux embouchures du Rhône. Dans ces conditions dès 1524, les murailles de la ville sont renforcées. Le , dans l'appréhension d'une attaque par l'armée impériale, le conseil nomme une commission pour inspecter les rempartsÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1890 , pages 71-75. et en 1537, la réfection de la tour des Mourges est entrepriseJean-Maurice Rouquette (sous la direction de) - ARLES, histoire, territoires et cultures, page 482.. Ces travaux militaires accentuent la détresse financière de la ville
Des difficultés financières Ces difficultés financières transparaissent dès 1524 lorsque le , le Conseil, vu les grands besoins de la ville, pour l'entretien de la garnison, la réparation des remparts et les mesures à prendre contre la peste, délibère que chaque conseiller fera, selon ses facultés, quelques avances de fonds à la caisse communale. Ce contexte militaire entraîne en effet des frais et accroît les troubles. Le , la Communauté doit lever 200 hommes de milice, sous la conduite de MM. de Saint Andiol et Jean Féraud, pour prêter main-forte aux procureurs du pays et chasser une multitude de bandouliers italiens ou corses, soldats réformés, qui infestent la contréeÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1891 , pages 60-64.. Les difficultés financières perdurent ; le , « Echéant de créer un trésorier noble et les consuls n'en trouvant aucun qui voulût faire les avances des deniers nécessaires, fut délibéré que pour cette année sans conséquence les sieurs consuls éliroient le trésorier bourgeois qu'ils trouveront vouloir faire lesdiles avances... et élurent Gauthier Mathieu. » (Annales d'Arles)Émile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1890 , pages 37-40., et en 1537, la ville doit fournir charges de blé froment et d'avoine au camp du roiJean-Maurice Rouquette (sous la direction de) - ARLES, histoire, territoires et cultures, page 538.. En 1536, d'après Guillaume du Bellay, des troubles éclatent dans la cité lorsque des soldats gascons en garnison, mécontents de l'emprisonnement de certains des leurs, mettent le feu à la maison communale sauvée in extremis de l'incendieJean-Maurice Rouquette (sous la direction de) - ARLES, histoire, territoires et cultures, page 483.. Pourtant le Conseil essaye de renflouer les finances de la cité par diverses mesures : adjudications de biens communaux -pâtis et pêcheries- comme en 1525, ce qui déclenche des émeutesÉmile Fassin – Bulletin archéologique d’Arles, 1890 , pages 104-106 : Le 23 juillet 1525, les consuls voulant, en vertu de délibérations antérieures, donner à bail par voie d'adjudication certains pâtis et pêcheries de la communauté, les pêcheurs s'ameutèrent et vinrent en grand nombre proférer des menaces contre ces magistrats. L'un des émeutiers, Thomas Alfant dit Gaillankt, armé d'un couteau, se jeta sur M. de Beynes, premier consul, et l'aurait peut-être massacré, sans l'intervention des autres consuls qui arrêtèrent son bras et le désarmèrent. La rébellion fut réprimée, et les eaux et pêcheries du Coronel, ainsi que les pâturages de l'isle du Merdoel, furent « mis en vente pour cinq ans », ou ventes d'armes – 350 piques- de l’arsenal comme en 1533.
1536-1560 : la Renaissance arlésienne
Un enrichissement par le terroir et le commerce thumb|Buste d’Adam de Craponne et bassin de distribution de son canal à Lamanon, Bouches-du-Rhône
La paix revenue, Arles s'efface politiquement devant AixLa généralité de Provence, aussi appelée généralité d'Aix, est créée en 1542. Aix fut en effet le siège d'une des dix-sept recettes générales créées par Henri II et confiées à des trésoriers généraux (Édit donné à Blois en janvier 1551). Son ressort se confondait avec celui du parlement d'Aix. mais s'enrichit grâce à son vaste terroir progressivement mis en culture. C'est de cette époque que datent les premières tentatives modernes de dessèchement des marais qui entourent la ville. En 1540, la ville d'Arles aurait ainsi négocié à ce sujet avec le comte de Paucallier et près d'un demi-siècle plus tard, Jacques Audier et Philippe Larcher font de nouvelles propositions concernant les marais du Trébon, du Plan du Bourg et Coustières de Crau. Ces propositions restent sans suite sans doute à cause des sommes énormes nécessaires. À la suite des inondations de 1529, 1530 et 1542, les transactions de décembre 1542 et janvier 1543 organisent les grandes associations territoriales arlésiennes. Plus tard, en 1599, le roi Henri IV fera publier un édit accordant à l'ingénieur Humfroy Bradley originaire de Berg-op-Zoom, nommé "maître des digues de France", le privilège exclusif de faire le dessèchement de tous les marais de FranceBulletin des Amis du Viel Arles, n°126, juillet 2005, p.4. Des travaux d'irrigation sont également entrepris, dont le plus significatif, le canal de Craponne (du nom de son constructeur Adam de Craponne) creusé dans les années 1550, relie la Durance au Rhône en aval d'Arles. Le vaste terroir arlésien, rendu ainsi fertile, produit des grains de manière excédentaire.
Le blé est alors le moteur principal du commerce portuaire. Dès le début du siècle, la ville, grenier à blé de la Provence, approvisionne de nombreuses villes en blé : Gênes en 1502, Marseille, La Ciotat, Toulon, Saint-Tropez en 1522, San Remo, Nice, La Napoule et à nouveau Saint-Tropez et Marseille en 1526…. Des travaux d’amélioration et d’agrandissement des structures portuaires sont d’ailleurs entrepris cette même année. Cette prospérité, liée à la fois à la production agricole et au trafic maritime, perdure en dépit des troubles et des aléas climatiques, jusqu’à la fin du siècle quand Thomas Platter, cité par Patricia Payn-EchalierPatricia Payn-Echalier – Le contexte économique de la ville d’Arles à l’époque de l’épiscopat de monseigneur Du Laurens, in AVA - Collection "Histoire d'Arles" : La ville d'Arles au début du , , note dans son journal lors de son passage à Arles en 1597 :
L'embellissement de la ville thumb|upright=0.8|Portail d'entrée du nouvel hôpital, achevé en 1573.