Apoproteína pode referirse a:
Apoencima (ou apoenzima), a parte proteica dun encima que posúe ademais un compoñente non proteico (cofactor, grupo prostético). Apolipoproteína, unha proteína que se une a lípidos que forma o compoñente proteico das lipoproteínas do plasma sanguíneo.
Denomínase en xeral apoproteína á parte proteica de proteínas que conteñen compoñentes non proteicos, é dicir, a parte polipeptídica de proteínas conxugadas, como por exemplo as biliproteínas, formadas por unha proteína e mais un cromóforo bilina non proteico, ou as glicoproteínas (con azucres) ou proteínas que conteñen metais ou porfirinas (por exemplo a hemoglobina).