La quarta fase della guerra civile in Somalia prese avvio nel gennaio 2009, dopo il completamento del ritiro delle truppe etiopi che avevano invaso e occupato la Somalia centro-meridionale nel dicembre 2006
Antefatti
Dopo che il 25 gennaio 2009 le truppe etiopi ebbero completato il loro ritiro dalla Somalia, il 30 gennaio si tennero nuove elezioni presidenziali, che risultarono nell'elezione a Presidente dello stesso Sharif Sheikh Ahmed, risultato vincitore su Maslah Mohamed Siad, figlio dell'ex presidente Barre, e su Nur Hassan Hussein, Primo Ministro uscente nominato da Yusuf"Somalia swears in new president" , Sapa-AFP (IOL), 31 gennaio 2009..
L'ala più radicale dell'Unione delle Corti Islamiche, guidata da Hassan Dahir Aweys, continuò la lotta armata senza riconoscere la legittimità del Governo federale di transizione, accanto agli altri movimenti islamisti radicali come Al-Shabaab.
La guerra Dopo l'elezione di Sherif Ahmed (2009-2012) Il Governo assediato a Mogadiscio
Il Presidente Sheikh Ahmed, in un incontro a Gibuti il 13 febbraio nominò il Primo ministro Sharmarke, del clan Darod, quale figura di mediazione tra il precedente Governo di Yusuf e le Corti islamiche, che ne approvarono la nomina. Questi formò un Governo di ampia coalizione, composto di membri del GFT e dell'ICU, che in marzo si trasferì nella sede di Mogadiscio, mentre gli islamisti di Al-Shabaab, che avevano già preso Baidoa, non riconobbero neanche il nuovo Governo di coalizioneSharmarke named Somalia’s new PM – ArabNews e continuarono ad avanzare contro il GFT, accerchiando Mogadiscio. Il GFT ingaggiò contro di loro le proprie truppe assistite da quelle dell'Unione africana (AMISOM).
Il 7 maggio 2009, gli Al-Shabaab attaccarono Mogadiscio conquistandone molti quartieri «Plus de 400 morts et déplacés à Mogadiscio en une semaine», Le Monde, 15 maggio 2009., confinando il GFT in un'area di pochi km², al di fuori della quale proseguivano i combattimenti e gli attentati contro esponenti del Governo. Vi furono tensioni anche nel nord del Paese, che sfociarono a volte in scontri armati, tra la regione indipendentista del Somaliland e quella autonoma ma favorevole al GFT del Puntland.
Il GFT rimase accerchiato in pochi palazzi di Mogadiscio anche nel 2010, affrontando nel contempo anche una crisi istituzionale in aprile tra il Presidente del Parlamento Madobe, della fazione dell'ex Presidente Yusuf, e il Primo Ministro Sharmarke, che portò alle dimissioni di MadobeSomalia stand-off as PM defies president's sacking order. BBC News (18 maggio 2010).Somalia: Deposed Somali PM says government still exist . Garoweonline.com, 18 maggio 2010.Somali prime minister refuses to leave office . Ynetnews.com (20 giugno 1995). Anche il Presidente Sharif Ahmed tentò di convincere il premier Sharmarke a dimettersi, minando la credibilità già debole del GovernoSomalia president 'to name new Premier' as controversy deepens . Garowe online (26 maggio 2010)., tanto che l'intero GFT parve prossimo al collassoSomalia leaders' feud deepens as PM refuse to step down . Garowe online (27 maggio 2010). Il 23 agosto, gli Al-Shabaab riuscirono a irrompere nella sede del GFT a Mogadiscio, fucilando 4 deputati del Governo assieme ad altre 29 personeSomalia, uomini di Al Qaeda assaltano hotel con dentro parlamentari: 32 morti , Corriere della Sera. A settembre, gli Al-Shabaab giunsero a soli 100 m dal palazzo del Presidente Sharif Ahmed, che abbandonò Mogadiscio, mentre molti deputati e ministri si erano già trasferiti all'estero a NairobiSomalia, crolla il governo di transizione I radicali islamici sferrano l'attacco finale , Repubblica. Il Governo in esilio approvò una bozza di Costituzione sotto gli auspici dell'ONU15 die in Somalia as parliament demands gov't vote, mentre il Primo Ministro Sharmarke, sempre più politicamente isolato, fu costretto a dimettersi il 21 settembreMohamed Ola Hassan (2010-08-10) Somalia's prime minister resigns amid tensions. Associated Press, lasciando il GFT nelle mani dell'ONU, dell'UA e dell'IGAD. Il 14 ottobre 2010 fu nominato come nuovo Primo Ministro Mohamed Abdullahi MohamedSomali president appoints new PM . Al Jazeera., con l'appoggio dell'ONUSomali parliament approves new prime minister . Reuters, 31 ottobre 2010., ma ritenuto dagli islamisti espressione di interessi stranieri.
Accordi di Kampala e Operazione Linda Nchi
Nel giugno 2011, il Presidente Sharif Ahmed e il Presidente del Parlamento Sharif Hassan, in esilio a Kampala, in Uganda, sotto la supervisione del Presidente ugandese Yoweri Museveni e dell'inviata dell'ONU Augustine MahigaSomalia bars lawmakers from talks, U.S. worried . Reuters (10 maggio 2011), strinsero un accordo che prevedeva le dimissioni del premier Mohamed e nuove elezioni, suscitando forti proteste per rivendicare la sovranità della Somalia, nella capitale MogadiscioMohammed Ibrahim More Clashes in Somalia; Minister Is Killed . New York Times, 11 giugno 2011.Kampala Accord: A setback for the TFG and the International Community . Garowe Online (12 giugno 2011)UN to sack Ambassador Mahiga, but who will replace him? . Suna Times (12 giugno 2011), a Gallacaio, Beled Hawo, e nelle comunità somale all'estero a Il Cairo, Nairobi, Johannesburg, Sydney, Londra, Roma, Stoccolma, Minneapolis e Toronto. Il Presidente Sherif Ahmed, parlando a Radio Mogadiscio, invitò l'esercito a gestire la situazione, salvo poi chiedere il rilascio dei manifestanti detenutiAbdalle Ahmed, Somalia prime minister says he won't resign. raxanreeb.com, 14 giugno 2011, e condannò le proteste come "illegali", paventando inoltre la possibilità di attentati di Al-ShabaabSomali president: Mogadishu rallies funded by some politicians . Mareeg. Infine il 19 giugno il Primo Ministro Mohamed fu costretto a dimettersiSomalia PM says will quit only if parliament agrees . Reuters, 11 giugno 2011Somalia: PM Mohamed Abdullahi Farmajo resigns . BBC (2011). e sostituito da Abdiweli Mohamed Ali.
Gli islamisti di Al-Shabaab denunciarono l'accaduto come prova dell'ingerenza dell'Uganda nella politica somalaAnalysis: Somali power struggle could intensify as premier quits . Horseed Media., dichiarando di continuare a non riconoscere il GFT e di voler cacciare dal Paese le truppe ugandesi dell'Unione africana (AMISOM)Al shabab says Kampala meeting ended failure . Mareeg.Al Shabaab – Kampala Accord Was TFG's Failure . All Africa, 22 giugno 2011.. Tuttavia nell'estate del 2011 una terribile carestia si abbatté sulla Somalia, spingendo gli Al-Shabaab a ritirarsi da Mogadiscio.
Il nuovo premier, Abdiweli Mohamed Ali, strinse un accordo anche con il gruppo islamista Ahlu Sunna wal Jamaa, le cui milizie affiancarono le truppe somale e quelle dell'Unione africana in una coalizione contro gli Al-Shabaab. Il 6 agosto 2011 il GFT riprese il controllo dell'intera città di Mogadiscio, sbloccando così lo stato di assedio della città che perdurava da anni, ed iniziando una controffensiva per riprendere il controllo del sud del Paese «Somali Government Says al-Shabaab Withdraws» , Bloomberg, 6 agosto 2011..
A seguito di incontri preparatori a Dobley tra ufficiali somali e kenioti, ad ottobre fu avviata un'operazione militare congiunta contro gli Al-Shabaab tra forze armate keniote e somale, guidata ufficialmente dall'esercito somalo, denominata operazione Linda Nchi (ossia "proteggere il Paese" in lingua swahili). Le truppe del Kenya vennero in seguito formalmente integrate nella missione internazionale AMISOM dell'Unione africana. Grazie alla nuova coalizione internazionale contro gli Al-Shabaab, il GFT riprese possesso, nel corso del 2012, di Belet Uen«Somalie: la ville de Beledweyne, symbole de la résistance des shebabs» , RFI, 26 novembre 2013., Oddur, Afgoi, Afmadù.
Il Governo del premier Ali fu impegnato anche nell'organizzare la roadmap per la fine del Governo federale di transizione e la nascita della Repubblica Federale, che avvenne in agosto con la promulgazione della Costituzione.
Alle successive elezioni presidenziali del 10 settembre 2012, si candidarono, oltre al presidente uscente Sherif Ahmed, il premier uscente Abdiweli Mohamed Ali, e il leader politico Hassan Sheikh Mohamud, fondatore del ramo somalo dei Fratelli Musulmani, che risultò eletto.
Presidenza Hassan Sheikh Mohamud (2012-2017) Estensione della missione AMISOM
All'indomani della sua elezione, il Presidente Hassan Sheikh Mohamud subì un attentato, rivendicato dagli Al-Shabaab, legati alla rete di Al Qaida. Il Presidente annunciò di voler proseguire gli sforzi del suo predecessore Sharif Sheikh Ahmed contro gli Al-Shabaab, giovandosi del sostegno delle truppe keniote e dell'Unione africana al ricostituendo esercito somalo. Sotto la sua presidenza si ottenne la liberazione della strategica città di Chisimaio, che era divenuta la capitale dei territori governati dagli islamisti e la loro principale fonte di reddito nel settembre 2012, e quella di Giohar in dicembre.
Alla fine del 2012, l'inviata dell'ONU Augustine Mahiga dichiarò che circa l'85% dei territori contesi erano ormai sotto il controllo del governo somalo, ma esortò anche a rinnovare l'impegno della missione dell'Unione africana fintanto che le forze di sicurezza della Repubblica Federale Somala non avessero completato il processo di formazione. Il Governo federale deteneva il controllo di tutti i maggiori centri urbani, ma molte zone rurali erano ancora controllate dagli Al-Shabaab, dove i miliziani sfuggivano al controllo del governo nascondendosi tra la popolazione.
Pertanto il Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite rinnovò per un altro anno il mandato della missione AMISOM, e con la risoluzione 2093 del 6 marzo 2013 sospese per un anno l'embargo sulle armi leggere alla Somalia, che vigeva dal '91, così da consentire la ricostituzione dell'esercito nazionale.
A partire da settembre 2013, su richiesta del Governo federale, fu installata a Mogadiscio una base militare degli Stati Uniti, con funzioni di supporto alla pianificazione delle operazioni militari da parte delle forze somale. Il 5 ottobre, la Marina militare degli USA lanciò un attacco mirato contro un capo di Al-Shabaab nella città costiera di Brava, a sud di Mogadiscio, pur fallendo l'obiettivo della sua cattura «US forces target leading al-Shabaab militant in Somalia raid» , The Guardian, 5 ottobre 2013..
A novembre 2013, anche l'Etiopia, che continuava ad avere 8000 soldati impegnati nel Sud della Somalia contro gli Al-Shabaab, formalizzò la richiesta di inquadrare i propri soldati nell'ambito della Missione dell'Unione africana in Somalia, suscitando il plauso del Governo somalo. Con risoluzione 2124 del 2014, il Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite autorizzò quindi l'ampliamento dell'organico dell'AMISOM di altre 4'000 unità, consentendo, accanto ai contingenti già in essere di Gibuti, Burundi, Sierra Leone, Kenya e Uganda, la formazione di un sesto contingente dell'Etiopia, che ebbe la responsabilità delle operazioni nelle regioni meridionali di Ghedo, Bakool e Bai.
Nel dicembre 2013, intanto, il premier Shirdon fu sfiduciato dal Parlamento somalo, e al suo posto fu nominato Abdiweli Sheikh Ahmed.
Operazione Oceano Indiano