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La quinta stagione della serie televisiva X-Files è andata in onda negli Stati Uniti su FOX dal 2 novembre 1997 al 17 maggio 1998.

In Italia è stata trasmessa su Italia 1 dal 22 febbraio 1998 al 14 marzo 1999. Nella sua prima trasmissione italiana non è stato seguito l'ordine cronologico originale degli episodi.

nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 Redux Redux I 2 novembre 1997 3 maggio 1998 2 Redux II Redux II 9 novembre 1997 10 maggio 1998 3 Unusual Suspects Insoliti sospetti 16 novembre 1997 19 aprile 1998 4 Detour Minaccia territoriale 23 novembre 1997 22 febbraio 1998 5 The Post-Modern Prometheus Prometeo post-moderno 30 novembre 1997 24 maggio 1998 6 Christmas Carol Emily I 7 dicembre 1997 6 dicembre 1998 7 Emily Emily II 14 dicembre 1997 13 dicembre 1998 8 Kitsunegari L'ideogramma 4 gennaio 1998 24 maggio 1998 9 Schizogeny Schizofrenia 11 gennaio 1998 20 dicembre 1998 10 Chinga Chinga 8 febbraio 1998 10 gennaio 1999 11 Kill Switch Intelligenza artificiale 15 febbraio 1998 27 dicembre 1998 12 Bad Blood Vampiri 22 febbraio 1998 17 gennaio 1999 13 Patient X La paziente X 1º marzo 1998 24 gennaio 1999 14 The Red and the Black Il rosso e il nero 8 marzo 1998 31 gennaio 1999 15 Travelers Cavie 29 marzo 1998 7 febbraio 1999 16 Mind's Eye Gli occhi della mente 19 aprile 1998 14 febbraio 1999 17 All Souls Angeli caduti 26 aprile 1998 21 febbraio 1999 18 The Pine Bluff Variant Il contagio 3 maggio 1998 28 febbraio 1999 19 Folie a Deux Follia a due 10 maggio 1998 7 marzo 1999 20 The End La fine 17 maggio 1998 14 marzo 1999

Redux I Titolo originale: Redux Diretto da: R.W. Goodwin Scritto da: Chris Carter Trama Scully aiuta Mulder a inscenare la sua morte, ma è posta sotto stretto controllo; Skinner è sospettato come il traditore interno all'FBI; Mulder (creduto morto) riesce a infiltrarsi nel Dipartimento della Difesa per recuperare la possibile cura alla malattia di Dana, che nel frattempo sta peggiorando, ma nel farlo si trova di fronte alla verità sugli alieni a cui ha dato la caccia per anni. Effettivamente i racconti di Kritschgau erano parte della menzogna, essendo questi un membro del cosiddetto "Consorzio" di cui fa parte anche l'Uomo che Fuma.

Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), William B. Davis (L'Uomo che Fuma), Charles Cioffi (Scott Blevins), John Finn (Michael Kritschgau), Steve Makaj (Scott Ostelhoff), Barry W. Levy (Dott. Vitagliano), Willy Ross ("Quiet Willy"), Don S. Williams (Primo Anziano), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Dean Haglund (Richard Langly), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Arnie Walters (Padre McCue), Megan Leitch (Samantha Mulder), Sheila Larken (Margaret Scully), Pat Skipper (Bill Scully Jr.). Note: questo episodio è il seguito di Getsemani e continua nel successivo episodio Redux II.

Redux II Titolo originale: Redux II Diretto da: R.W. Goodwin Scritto da: Chris Carter Trama Mentre Scully si trova sul letto di morte, l'Uomo che fuma prende una decisione importante per aiutare Mulder. Nel tentativo di convincerlo a lasciare l'FBI e a entrare nel Consorzio, lo aiuta a uscire dal Dipartimento della Difesa con il vaccino per Dana e gli fa pure rincontrare sua sorella (che nell'occasione gli spiega come sia lo stesso Uomo che Fuma il suo vero padre, e non il deceduto padre di Fox). L'operazione non piace all'interno del Consorzio, dove viene ordinato a un cecchino di provvedere immediatamente. Nell'ultima udienza interna, Mulder accusa Blevin di essere parte del progetto di tradimento perpetrato ai danni della popolazione (sollevando così Skinner da ogni dubbio). Egli, scoperto, viene eliminato dal Consorzio. In ospedale Dana, sottoposta alla cura trovata da Mulder al Dipartimento della Difesa comincia a migliorare. Nel frattempo il cecchino uccide l'Uomo che Fuma (anche se il cadavere non viene ritrovato).

Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), William B. Davis (L'Uomo che fuma), Charles Cioffi (Scott Blevins), John Finn (Michael Kritschgau), Steve Makaj (Scott Ostelhoff), Barry W. Levy (Dott. Vitagliano), Willy Ross ("Quiet Willy"), Don S. Williams (Primo Anziano), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Dean Haglund (Richard Langly), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Arnie Walters (Padre McCue), Megan Leitch (Samantha Mulder), Sheila Larken (Margaret Scully), Pat Skipper (Bill Scully Jr.). Note: questo episodio è il seguito di Redux I.

Insoliti sospetti Titolo originale: Unusual Suspects Diretto da: Kim Manners Scritto da: Vince Gilligan Trama Vengono raccontate le origini dei Pistoleri Solitari. Nel 1989, a una fiera dell'informatica, due venditori di computer e un impiegato federale uniscono le forze quando incontrano Suzanne Modeski, una donna che afferma di essere perseguitata dal suo violento ex fidanzato, un agente dell'FBI di nome Fox Mulder. Si scopre così il modo in cui Mulder incontra i suoi tre fedeli alleati.

Altri interpreti: Richard Belzer (detective John Munch), Signy Coleman (Susanne Modeski), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Dean Haglund (Richard Langly), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Steven Williams (Mister X). Il detective John Munch, interpretato da Richard Belzer, è un personaggio apparso in ben undici serie televisive, fra cui Homicide e Law & Order - Unità vittime speciali.

Minaccia territoriale Titolo originale: Detour Diretto da: Dowler Brett Scritto da: Frank Spotnitz Trama Sulla strada per un convegno dell'FBI in Florida, Mulder e Scully si fermano ad aiutare la polizia locale nelle indagini sulla misteriosa scomparsa di tre persone nel bosco, dove sembra nascondersi una coppia di umanoidi invisibili.

Altri interpreti: Scott Burkholder (Agente Michael Kinsley), JC Wendel (Agente Carla Stonecypher), Colleen Flynn (Agente Michele Fazekas), Anthony Rapp (Jeff Glaser), Alf Humphreys (Michael Asekoff), Merrilyn Gann (Sig.ra Asekoff), Tyler Thompson (Louis Asekoff).

Prometeo post-moderno Titolo originale: The Post-Modern Prometheus Diretto da: Chris Carter Scritto da: Chris Carter Trama Una lettera di una madre single conduce Mulder e Scully in una piccola città del Midwest, dove sembra aggirarsi una versione moderna del mostro di Frankenstein, un medico conduce strani esperimenti e Jerry Springer è una vera e propria ossessione.

Altri interpreti: Chris Owens (il Grande Mutato), Stewart Gale (Izzy Berkowitz), Pattie Tierce (Shaineh Berkowitz), Chris Giacoletti (Booger), Dana Grahame (Giornalista), John O'Hurley (Dott. Francis Pollidori), Miriam Smith (Elizabeth Pollidori), Lloyd Berry (Anziano Pollidori), Tracey Bell (Cher), Jerry Springer (se stesso). Note: l'episodio, girato in bianco e nero, costituisce un omaggio al romanzo Frankenstein, o il moderno Prometeo di Mary Shelley e alle sue versioni cinematografiche, nonché al romanzo L'isola del dottor Moreau di H. G. Wells.

Emily I Titolo originale: Christmas Carol Diretto da: Peter Markle Scritto da: Vince Gilligan, John Shiban e Frank Spotnitz Trama A casa per le vacanze di Natale, Scully partecipa alle indagini su un presunto suicidio avvenuto nelle vicinanze. La figlia della vittima, di circa 3 anni, somiglia in maniera incredibile alla defunta sorella di Dana, per cui quest'ultima ordina un test del DNA. Nel frattempo si scopre che il suicidio è in realtà un omicidio, inscenato a regola d'arte: strani membri di una ditta farmaceutica cercano di somministrare varie cure alla bambina, affetta da una rara forma di anemia, cui la madre legale si era opposta. A fine episodio si scopre che la bambina non è la figlia di Melissa Scully, bensì di Dana stessa.

Altri interpreti: Pat Skipper (Bill Scully Jr.), Sheila Larken (Margaret Scully), Karri Turner (Tara Scully), John Pyper-Ferguson (Detective Kresge), Rob Freeman (Marshall Sim), Lauren Diewold (Emily Sim), Melinda McGraw (Melissa Scully), Gerard Plunkett (Dott. Ernest Calderon), Joey Shea (Dana Scully nel 1968), Ryan de Boer (Bill Scully Jr. nel 1968), Zoë Anderson (Dana Scully nel 1976), Rebecca Codling (Melissa Scully nel 1976). Note: la storia continua nel successivo episodio Emily II.

Emily II Titolo originale: Emily Diretto da: Kim Manners Scritto da: Vince Gilligan, John Shiban e Frank Spotnitz Trama Fox Mulder raggiunge Dana, spiegandole la scoperta intorno a sua figlia: quando fu rapita le vennero asportati degli ovuli, che furono poi fecondati in laboratorio al fine di testare ibridi umani-alieni. Questa pratica era comune a tutte le donne abdotte, la casa farmaceutica in cui la bambina è in cura è in realtà collusa col Consorzio, che la usa come organismo di monitoraggio. Le condizioni della bambina peggiorano a causa dei vari interventi del Consorzio e del cacciatore di taglia alieno, finché la stessa muore. Mulder e Scully raccolgono informazioni sui vari attori coinvolti per avanzare con le indagini.

Altri interpreti: Lauren Diewold (Emily Sim), Pat Skipper (Bill Scully Jr.), Sheila Larken (Margaret Scully), Karri Turner (Tara Scully), Tom Braidwood (Melvin Frohike), John Pyper-Ferguson (Detective Kresge), Patricia Dahlquist (Susan Chambliss), Gerard Plunkett (Dott. Ernest Calderon). Note: questo episodio è il seguito di Emily I.

L'ideogramma Titolo originale: Kitsunegari Diretto da: Daniel Sackheim Scritto da: Vince Gilligan e Tim Minear Trama Quando "Pusher" Modell evade dal carcere, Mulder e Scully accorrono per catturarlo prima che possa vendicarsi del suo bersaglio preferito, l'agente Mulder.

Altri interpreti: Mitch Pileggi (Walter Skinner), Robert Wisden (Robert Patrick Modell), Michael Dobson (US Marshall), Kurt Evans (Todd), Jill Krop (Giornalista), Diana Scarwid (Linda Bowman), Ty Olsson (Orderly da giovane), Scott Oughterson (Orderly da vecchio). Note: il personaggio di Modell era già apparso nell'episodio Il persuasore. Il titolo originale "Kitsunegari" significa "Caccia alla volpe" ("Fox hunt") in lingua giapponese.

Schizofrenia Titolo originale: Schizogeny Diretto da: Ralph Hemecker Scritto da: Jessica Scott e Mike Wollaeger Trama Un adolescente è sospettato di aver ucciso suo padre ma Mulder e Scully si convincono che possa essere innocente e che una terribile forza maligna agisca nella comunità. Il bosco infatti, tramite una strana donna, sembra possa muoversi, sanguinare e inghiottire gli esseri umani.

Altri interpreti: Bob Dawson (Phil Rich), Cynde Harmon (Patti Rich), Chad Lindberg (Bobby Rich), Katharine Isabelle (Lisa Baiocchi), Gardiner Millar (Eugene Baiocchi), George Josef (John Ramirez), Myles Ferguson (Joey Agostino), Sarah-Jane Redmond (Karin Matthews), Kate Robbins (Linda Baiocchi).

Chinga Titolo originale: Chinga Diretto da: Kim Manners Scritto da: Stephen King e Chris Carter Trama Scully, in vacanza nel Maine, si imbatte in uno strano caso in cui le vittime sembrano essersi autoinflitte delle ferite, su pressione di una giovane ragazza.

Altri interpreti: Susannah Hoffman (Melissa Turner), Jenny-Lynn Hutcheson (Polly Turner), Carolyn Tweedle (Jane Froelich), Gordan Tipple (Assistant Manager), Harrison Coe (Dave il pescivendolo), Larry Musser (Jack Bonsaint), William MacDonald (Buddy Riggs), Dean Wray (Rich Turner).

Intelligenza artificiale Titolo originale: Kill Switch Diretto da: Rob Bowman Scritto da: William Gibson e Tom Maddox Trama Mentre indagano sulle strane circostanze della morte di un solitario genio del computer, famoso per il suo lavoro sull'intelligenza artificiale, Mulder e Scully diventano il bersaglio di un computer omicida capace di ogni tipo di tortura e scopriranno che esistono macchine che hanno ben più di qualcosa di umano.

Altri interpreti: Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Dean Haglund (Richard Langly), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Patrick Keating (Donald Gelman), Peter Williams (Jackson), Rob Daprocida (Bunny), Jerry Schram (Gerald Boyce), Dan Weber (Charles Figgis), Kristin Lehman (Esther Nairn), Stephen Collins (Cyril Pollard).