Фудбалски куп на Македонија 2006-2007 било 15. издание на Купот на Македонија.
Во оваа сезона шампион бил Вардар и си обезбедил место во првата квалификациска рунда во УЕФА Купот 2007-2008.
Шеснаестина финале Натпреварите се одиграа на 30 јули 2006. Клуб Резултат Клуб Тиквеш0:5 Македонија Ѓ.П. Бабуна 0:6 Маџари Солидарност Локомотива 1:6 РеноваИлинден2:1 (4-5 пен.) СилексТиверија 0:6 Пелистер Осогово 0:2 Башкими Брегалница Делчево0:3 (служ.)* Шкендија 79 Металург 3:0 Беласица Дрита 0:0 (5-3 пен.) Караорман 11 Октомври 0:6 Вардар Новаци 0:2 Работнички Тетекс 2:2 (3-4 пен.) Брегалница Краун Гостивар 2:1 НапредокТурново 1:3Победа Милано 2:1 Влазрими Дојранско Езеро 2:3 Меридиан ФЦУ
Натпреварот прекинат при резултат 0-2. Натпреварот доделен на Шкендија
Осминафинале Влечењето на двојките се одржа на 18 август 2006 во Скопје. Првите натпревари се одиграле на 20 септември 2006, а вторите на 18 октомври 2006.
Клуб Вк.резултат Клуб1 натпревар2 натпревар Победа 3:0 Шкендија 79 2:0 1:0 Вардар 5:1 Металург 4:11:0 Дрита 4:2 Брегалница Краун 3:0 1:2 Гостивар 3:6 Ренова 1:4 2:2 Милано 4:3 Башкими 2:1 2:2 Работнички 5:4 Илинден 4:0 1:4 Македонија Ѓ.П. 0:2 Меридиан ФЦУ 0:2 0:0 Маџари Солидарност 2:4 Пелистер 2:20:2
Четвртфинале Влечењето на двојките се одржа на 20 октомври 2006 во Скопје. Првите натпревари се одиграа на 1 ноември 2006, а вторите на 29 ноември 2006. КлубВк.резултат Клуб 1 натпревар2 натпреварВардар4:2 Меридиан ФЦУ 4:1 0:1Работнички 1:2 Милано 1:1 0:1Дрита 3:7 Победа2:11:6 Пелистер2:2 Ренова 0:1 2:1
Полуфинале Влечењето на двојките се одржа на 5 декември 2006 во Скопје. Првите натпревари се одиграа на 11 април 2007, а вторите на 2 мај 2007 година. Клуб Вк.резултат Клуб 1 натпревар2 натпреварПобеда 3:1 Милано 2:1 1:0 Вардар 3:2 Пелистер 2:1 1:1
Финале
Екипа победник <big>Вардар5. титула</big>
2006/2007 Куп Куп