З початку пандемії COVID-19 вчені та уряди намагалися визначити походження вірусу SARS-CoV-2. Більшість вчених погоджуються, що, як і у випадку багатьох інших пандемій в історії людства , цей вірус, ймовірно, походить від вірусу, господарем якого є кажани, який передається людині через іншу тварину в природі або під час торгівлі дикими тваринами, зокрема, на продуктових ринках. Було запропоновано багато інших пояснень, у тому числі кілька теорій змови. Деякі вчені та політики припускають, що SARS-CoV-2 потрапив у навколишнє середовище з лабораторії. Ця теорія не підтверджена доказами.

SARS-CoV-2 має велику генетичну подібність до кількох раніше ідентифікованих коронавірусів кажанів, що свідчить про те, що він перейшов до людини від кажанів. Тривають дослідження щодо того, чи походить SARS-CoV-2 безпосередньо від кажанів чи опосередковано через проміжного хазяїна, такого як панголіни , цивети , землерийки , або єнотовидні собаки. Докази геномної послідовності вказують на те, що перехід SARS-CoV-2 до людей, ймовірно, стався наприкінці 2019 року. Як і у випадку спалаху SARS-CoV у 2002—2004 роках, спроби відстежити конкретне географічне та таксономічне походження SARS-CoV-2 може зайняти роки, а результати його можуть бути непереконливими.

У 2021 році Всесвітня асамблея охорони здоров'я (від імені ВООЗ) замовила дослідження, проведене спільно експертами ВООЗ і китайськими вченими. Дослідження прийшло до висновку, що вірус, швидше за все, мав зоонозне походження від кажанів, можливо, через проміжного господаря. У ньому також зазначено, що лабораторне походження вірусу «дуже малоймовірне». Генеральний директор ВООЗ Тедрос Аданом Гебреїсус разом з урядами різних країн, включаючи США та ЄС, відповів на звіт про дослідження 2021 року, заявивши, що питання все ще «потребує подальшого розслідування».

У липні 2022 року дві статті, опубліковані в «Science», описали нові епідеміологічні та генетичні докази, які свідчать про те, що пандемія, ймовірно, почалася на оптовому ринку морепродуктів Хуанань, а не походила з лабораторії.

Сценарії походження Хоча існує кілька пропонованих пояснень того, як SARS-CoV-2 потрапив у людську популяцію, та розвинувся адаптаційний процес, є вагомі докази та дослідження про те, що найімовірнішим оригінальним резервуаром вірусу для SARS-CoV-2 є підковики, найближчими відомими вірусними родичами є RaTG13 і BANAL-52, взяті з посліду підковиків у провінції Юньнань у Китаї та Феуан у Лаосі відповідно. Еволюційна відстань між SARS-CoV-2 і RaTG13 оцінюється приблизно в 50 років (від 38 до 72 років).

Зоонозне походження Кажани є значним резервуаром різноманітних коронавірусів, і у людей виявили антитіла цих вірусів, що свідчить про те, що пряме зараження від кажанів є поширеним явищем. Зоонозна передача вірусу SARS-CoV-2 людям могла відбутися в контексті факторів загострення, які могли зробити такі поширення більш імовірними. Людські контакти з кажанами зросли, оскільки населені пункти поширюються на місця проживання кажанів. Деякі соціальні та екологічні фактори, включаючи зміну клімату, руйнування природних екосистем і торгівлю дикими тваринами, також підвищили ймовірність появи зоонозів. Одне з досліджень, проведене за підтримки Європейського Союзу, виявило, що зміна клімату збільшує ймовірність пандемії, впливаючи на поширення видів кажанів.

Найперші випадки зараження людей SARS-CoV-2 були виявлені в Ухані, але нульового пацієнта так і не виявили. RaTG13 було відібрано у кажанів у шахті в окрузі Моцзян в Юньнані , розташованому приблизно за 1500 км від Уханя, і в провінції Хубей, де розташований Ухань, відносно мало коронавірусів кажанів.

Сценарії походження Хоча науковий консенсус полягає в тому, що SARS-CoV-2 походить від вірусів, які живуть у кажанів, точний спосіб, за допомогою якого це сталося, іноді є предметом припущень.

Холодовий/харчовий ланцюг Ще один можливим способом потрапляння вірусу в організм людини є шлях через свіжі або заморожені харчові продукти, що називається холодовим/харчовим ланцюгом. Вчені не вважають це ймовірним шляхом потрапляння SARS-CoV-2 у людський організм. Тварина-джерело цього сценарію може бути прямим або проміжним видом, як описано вище. Багато розслідувань було зосереджено навколо оптового ринку морепродуктів в Ухані, на якому була рання група випадків. Хоча в минулому спостерігалися спалахи людських вірусних захворювань, що передаються через їжу, і докази повторного занесення SARS-CoV-2 у Китай через імпортовані заморожені продукти, дослідження не виявили переконливих доказів вірусного зараження в продуктах на ринку Хуанань.

Теорія витоку з лабораторії Теорія лабораторного витоку COVID-19 або гіпотеза лабораторного витоку — це ідея про те, що SARS-CoV-2, вірус, який спричинив пандемію коронавірусної хвороби, походить із лабораторії. Це твердження є дуже суперечливим; більшість вчених вважають, що вірус поширився в людській популяції внаслідок природного зоонозу (передача безпосередньо від інфікованої тварини до людини), подібно до спалахів SARS-CoV і MERS-CoV, і узгоджується з перебігом інших пандемій в історії людства. Наявні дані свідчать про те, що носіями вірусу SARS-CoV-2 спочатку були кажани, і він поширився на людей від інфікованих диких тварин, які функціонували як проміжні господарі, з ринку морепродуктів Хуанань в Ухані в грудні 2019 року. Як потенційні проміжні господарі були визначені кілька видів тварин-кандидатів. Немає жодних доказів існування SARS-CoV-2 в будь-якій лабораторії до пандемії , або того, що в будь-якій лабораторії траплялися будь-які підозрілі випадки порушення біозахисту.

Багато запропонованих сценаріїв витоку з лабораторії характерні для теорій змови. Головним з цього для багатьох є недоречна підозра щодо близькості спалаху до вірусологічного інституту, який вивчає коронавіруси, Уханьського інституту вірусології. У більшості великих китайських міст є лабораторії, які вивчають коронавіруси, і спалахи вірусів зазвичай починаються в сільській місцевості, але вперше їх помічають у великих містах. Якщо спалах коронавірусу станеться в Китаї, існує висока ймовірність, що він станеться поблизу великого міста, а отже, поблизу лабораторії, що вивчає коронавіруси. Ідея витоку з уханьської лабораторії також отримала підтримку через секретність проведення заходів проти епідемії китайським урядом. Теорія витоку з лабораторії була описана як расистська та ксенофобська; віра в теорію витоку з лабораторії пов'язана з недовірою до уряду та антикитайськими настроями, і розпалила ці настрої. Вчені з Уханьського інституту вірусології раніше збирали пов'язані з SARS коронавіруси від кажанів у дикій природі, і твердження, що вони також проводили нерозкриту ризиковану роботу з такими вірусами, є центральними для деяких версій ідеї. Деякі версії, зокрема ті, що згадують геномну інженерію, ґрунтуються на дезінформації або спотворенні наукових доказів.

Розслідування

Китайський уряд Перше розслідування, проведене в Китаї, було проведено муніципальною комісією з охорони здоров'я Уханя у відповідь на повідомлення лікарень про випадки пневмонії невідомої етіології, що призвело до закриття оптового ринку морепродуктів Хуанань 1 січня 2020 року для санітарії та дезінфекції. Китайський центр контролю та профілактики захворювань направив на ринок своїх працівників того ж дня, які взяли зразки; проте тварин забрали з ринку до того, як прибули органи охорони здоров'я, то ні однієї тварини не відібрали з ринку, хоча це було б більш переконливим.

У квітні 2020 року Китай запровадив обмеження на публікацію наукових досліджень про новий коронавірус. Розслідування походження вірусу стало більш скрупульозним, і мало бути схвалене офіційними особами центрального уряду Ці обмеження не поширювалися на закордонних учених; зокрема Волтер Єн Ліпкін, американський вчений, працював з групою китайських дослідників під егідою Китайського центру контролю та профілактики захворювань, китайського урядового агентства, щоб виявити походження вірусу. Ліпкін мав давні хороші стосунки з китайськими чиновниками, включаючи колишнього прем'єра уряду Лі Кецяна у зв'язку з його внеском у швидке тестування на SARS у 2003 році.

Ринок живих тварин Хуанань підозрювався як джерело вірусу, оскільки там було багато ранніх випадків хвороби. 31 січня 2021 року група вчених під керівництвом Всесвітньої організації охорони здоров'я відвідала ринок, щоб дослідити походження COVID-19. Ґрунтуючись на наявних доказах, ВООЗ дійшла висновку, що походження вірусу все ще невідоме, а уряд Китаю наполягав на тому, що джерелом не є ринок. Уряд Китаю тривалий час наполягав на тому, що вірус виник за межами Китаю, і до червня 2021 року заперечував, що на ринку Хуанань торгували живими тваринами.

У лютому 2022 року деякі китайські дослідники опублікували препринтний аналіз зразків з ринку Хуанань, та дійшли висновку, що коронавірус у зразках, ймовірно, був занесений людьми, а не тваринами, які продавалися, але пропуски в аналізі викликали питання, а необроблені дані ще не були опубліковані.

4 березня 2023 року були опубліковані дані зі зразків мазків на відділі ринку для живих тварин, або можливо, стався витік цих даних ; з попереднього аналізу яких міжнародним дослідницьким співтовариством стверджувалось, що тваринне походження вірусу набагато більш імовірне. Хоча зразки остаточно не доводять, що єнотовидний собака є «відсутньою» проміжною твариною-хазяїном у ланцюзі передачі від кажана до людини, це показує, що звичайні єнотовидні собаки були присутні на ринку Хуанань на час початкового спалаху SARS-CoV-2 у районах, які також були позитивними на РНК SARS-CoV-2, і суттєво посилює цю гіпотезу як проксимальне джерело пандемії.

Спроба цих дослідників співпрацювати з китайськими дослідниками не отримала відповіді, але необроблені дані були видалені з онлайн-бази даних. 14 березня міжнародна група дослідників представила попередній аналіз на зустрічі Наукової консультативної групи Всесвітньої організації охорони здоров'я з питань походження нових патогенів, на якій також були присутні китайські дослідники COVID-19. 16 березня Гао Фу, колишній керівник Китайського центру контролю та профілактики захворювань і провідний автор препринтів у лютому 2022 року, повідомив журналу «Science», що в необроблених даних немає «нічого нового», і відмовився відповідати на запитання про те, чому його дослідницька група видалила їх з бази даних.

17 березня генеральний директор ВООЗ заявив, що дані слід було поширювати за 3 роки до цього, і закликав Китай бути більш прозорим у обміні даними. Були додаткові дані з інших зразків, які ще не були оприлюднені. Технічний керівник ВООЗ щодо COVID-19 Марія ван Керхове закликала негайно оприлюднити ці дані.

Уряд США

Адміністрація Трампа 6 лютого 2020 року директор Управління науково-технічної політики Білого дому звернувся до Національних академій наук, техніки та медицини з проханням скликати зустріч «експертів, генетиків світового рівня, експертів з коронавірусу та еволюційних біологів», щоб «оцінити, які дані, інформація та зразки необхідні для вирішення невідомих питань, щоб зрозуміти еволюційне походження COVID-19 і більш ефективно реагувати як на спалах, так і на будь-яку отриману інформацію».

У квітні 2020 року повідомлялося, що Розвідувальне співтовариство США з'ясовує, чи не походить вірус від випадкового витоку з китайської лабораторії. Ця гіпотеза була однією з кількох можливих, які вивчали дослідники. Міністр оборони США Марк Еспер заявив, що результати розслідування «не дають можливості зробити якийсь висновок». До кінця квітня 2020 року офіс директора національної розвідки заявив, що розвідувальне співтовариство США вважає, що коронавірус не був створений людиною чи генетично модифікований.