Друга португальська республіка офіційно дотримувалася нейтральної позиції під час Другої світової війни та періоду Голокосту в окупованій Німеччиною Європі. В той час, країна перебувала у реформованому авторитарному режимі, який мав назву «Нова держава» на чолі з ідейним засновником Антоніу де Олівейрою Салазаром та вважалася більш прихильною до союзників, ніж сусідня франкістська Іспанія.
Німецька експансія призвела до появи значної кількості біженців, (включаючи євреїв), через території Португалії у 1939 та 1940 роках. Остерігаючись економічних та політичних наслідків, правління Салазара у листопаді 1939 року вирішує посилити правила видачі транзитних віз через консульства країни.
Але на практиці, видачі віз із порушенням правил все ж була поширена в португальських консульствах по всій Європі, зокрема консулом Арістідесом де Соуза Мендешем, який працював у Бордо та видав тисячі віз біженцям з власної ініціативи під час падіння Франції у травні та червні 1940 року. Чисельна кількість біженців, включаючи близько 60 000–80 000 євреїв, продовжувала проходити через Португалію транзитом до Сполучених Штатів та Латинської Америки протягом усієї війни, хоча їхня кількість значно зменшилася з 1941 року.
Також, у Лісабоні було дозволено розміщення низки іноземних єврейських благодійних організацій.
Режим Антоніу Салазара знав про знищення євреїв у окупованій Німеччиною Європі з 1942 року та частково обмежував заходи для репатріації євреїв з португальським громадянством з тимчасової авторитарної республіки Франції (режим Віші) та окупованої країнами Осі Греції. Спроба заступництва за сефардських євреїв у окупованих Німеччиною Нідерландах за ініціативою Мойсеса Бенсабата Амзалака була невдалою. Португалія продовжувала торгувати з нацистською Німеччиною протягом усього конфлікту та, можливо, отримувала оплату за свій експорт у вигляді золота, награбованого під час Голокосту. В останні роки війни політичний режим Португалії надавав мовчазну підтримку у низці невеликих рятувальних операцій, включаючи видачу 1000 захисних паспортів угорським євреям за участі дипломата Карлосом де Лізом-Тексейрою Бранкінью наприкінці 1944 року.
Передісторія
З 1933 року у Португалії установився авторитарний політичний режим, відомий як «Нова держава» (Estado Novo), на чолі з колишнім професором університету Антоніу де Олівейрою Салазаром. Він залишався нейтральним протягом Другої світової війни, але вважався більш прийнятним до союзників, ніж франкістська Іспанія. Консервативні погляди країни перебували під сильним впливом католицизму і саме тому режим «Нової держави» вирізнявся серед тогочасних диктатур тим, що не включав расовий антисемітизм в ідеологію держави.
Сам Антоніу Салазар вважав, що расове мислення нацистів несумісне із католицизмом та португальським націоналізмом, який, на його думку, не мав прямого підґрунтя в біологічній расі. Через урядову цензуру у пресі португальська громадськість була погано поінформована про масштаби та характер нацистської антисемітської політики.
Ескалація антисемітських переслідувань у Східній Європі, разом зі швидким зростанням нацизму в Німеччині, спонукала до обмеження міграції євреїв-ашкеназі до Португалії. Але біженці швидко асимілювалися як у португальському суспільстві, так і в місцевій єврейській громаді. До 1930-х років португальські єврейські громадяни створили «Португальську комісію з допомоги єврейським біженцям у Португалії» (Comissão Portuguesa de Assistência aos Judeus Refugiados, COMASSIS) під керівництвом Аугусто Ісаака д'Есагі та почесним головою Адольфо Бенаруса. Комісія надавала біженцям медичну та психологічну допомогу, а також передавала їхні прохання до португальського уряду щодо отримання дозволів на проживання та роботу. COMASSIS допомагала поновлювати дозволи на роботу лікарів та юристів, а також допомагала в отриманні трудових контрактів для професорів у португальських університетах. Крім того, організація також керувала громадською кухнею. Д'Есагі обіймав посаду президента COMASSIS з 1938 до 1945 року.
Біженці з окупованої Німеччиною Європи Франція та Велика Британія оголосили війну Німеччині після вторгнення Німеччини до Польщі у вересні 1939 року. Оскільки Європа була у стані війни, країни незалежно від ставлення до війни, вважали за необхідне закрити свої кордони, щоб запобігти проникненню п'ятої колони та агітаторів до груп біженців. Через відсутність альтернатив кількість біженців, які намагалися рухались через Португалію, значно зросла. З вересня по грудень 1939 року до Португалії в'їхало приблизно 9000 біженців. Португальський політичний режим відчував потребу в посиленні контролю. До 1939 року поліція розкрила кілька злочинних мереж, які відповідали за підробку паспортів та кількох консулів звільнили зі служби за фальсифікацію паспортів.
У вересні 1939 року Аугусто Ісаак д'Есагі допоміг понад 600 німецьким євреям, які опинилися в Іспанії по дорозі на Кубу та до Мексики, перетнути Португалію.
11 листопада 1939 року португальський уряд надсилає своїм консулам у Європі циркуляр № 14, в якому визначалися категорії біженців, яких Поліція спостереження та державної оборони(Polícia de Vigilância e de Defesa do Estado, PVDE) вважала «незручними або небезпечними». Цей документ запровадив особливі обмеження для таких категорій осіб — для «іноземців з невизначеним або оспорюваним громадянством, для осіб без громадянства, для громадян Росії, власників паспорта Нансена та євреїв, вигнаних зі своїх країн», яким візи мали видаватись із попереднім дозволом міністерства закордонних справ.
Хоча Циркуляр обмежував права людини і був дискримінаційним, британський історик і професор, Ніл Лочері стверджує, що його створення було мотивоване головним чином економічними міркуваннями, в також подібні обмеження були прийняті в інших країнах, чиї погляди були нейтральні. Мілґрем висловлює подібні погляди, стверджуючи, що португальський режим не розрізняв євреїв та неєвреїв Він вважав, що євреям не дозволяли селитися в Португалії головним чином тому, що авторитарний режим боявся іноземного впливу в цілому, і зокрема — прибуття комуністів, які тікали з Німеччини.
Німецьке вторгнення та окупація Франції
Францію було окуповано у травні та червні 1940 року. Діючи всупереч Циркуляру № 14, португальський консул у Бордо Арістід де Соуза Мендеш видав тисячі транзитних віз для біженців. Його племінник, Сесар Мендеш (молодший), став свідком драматичних днів, що передували видачі віз біженцям:
"З 10 травня 1940 року і до окупації міста їдальня, вітальня та консульські кабінети були в розпорядженні біженців, десятків осіб обох статей, різного віку, переважно старих та хворих. Вони приходили та йшли, були вагітні жінки, які погано почувалися, були люди, які бачили, безсилі захистити себе, їхні родичі гинули на дорогах, вбиті кулеметами, що стріляли з літаків. Вони спали на стільцях, на підлозі, на килимах, жодного контролю більше ніколи не було.Навіть консульські кабінети були переповнені десятками біженців, які були виснажені, смертельно втомлені, бо чекали днями та ночами на вулиці, на сходах і, нарешті, в кабінетах. Вони не могли задовольнити свої потреби, не їли й не пили, боячись втратити свої місця в чергах, що все ж таки сталося і спричинило певні заворушення. В результаті біженці виглядали погано, вони не милися, не розчісувалися, не переодягалися і не голилися. Більшість із них не мали нічого, крім одягу, який були на них. Інциденти набули таких масштабів, що вкрай важливо було звернутися до армії з проханням зберегти порядок. У кожній кімнаті та в кожному кабінеті був солдат. Ці солдати були під командуванням сержанта. У той час канцелярія розташовувалася на першому поверсі будівлі на набережній Людовика XVIII. Вона й досі знаходиться там. Тротуари, парадні двері, великі сходи, що вели до канцелярії, були переповнені сотнями біженців, які залишалися там вдень і вночі, чекаючи своєї черги. Дисципліну контролювали солдати. У канцелярії працювали цілий день і частину ночі. Мій дядько захворів, виснажився, і йому довелося лягти. Він зважив усі за і проти та вирішив надати всі послуги без розрізнення національностей, рас чи релігії та нести всі наслідки. Він встає, спонуканий «божественною силою» (це були його власні слова), і наказує видавати всім безкоштовні візи.
26 червня 1940 року, через чотири дні після французького перемир'я, Антоніу Салазар дозволяє Товариству допомоги єврейським іммігрантам (ХІАС) у Парижі перенести свій головний офіс до м. Лісабон. Спочатку ці дії Салазара були здійснені всупереч думці британського посольства в Лісабоні. У Британському посольстві побоювалися, що цей крок відштовхне португальський народ від справи союзників. Але згодом, Американський єврейський спільний розподільчий комітет, Світовий єврейський конгрес та місцеві португальські єврейські комітети допомоги також отримали дозвіл на розміщення у Лісабоні.
У червні 1940 року, на прохання Фредеріка Мея Еліота, президента Комітету унітарної служби, священник Вейтстілл Шарп та його дружина Марта вилетіли до Європи та розмістили свою компанію в готелі «Метрополь» у Лісабоні, Португалія. З цього офісу родина Шарп присвятили свої зусилля допомозі єврейським біженцям, які тікали від нацистського режиму. Вони допомагали отримувати візи, організовували безпечний проїзд, пропонували фінансову підтримку та надавали юридичну допомогу сотням біженців. Обох було удостоєно звання Праведників народів світу меморіалом Яд Вашем.
Використання Португалії як транзитного шляху для втечі стає складнішим у червні 1940 року, коли Сполучені Штати посилили умови для прийому біженців з окупованої Німеччиною Європи. Єврейським біженцям, що зуміли потрапити до Португалії, загалом почувалися вільними, бо навіть біженців без відповідних паперів не висилали назад до підконтрольних нацистам європейських територій. Натомість поліція країни тримала їх під домашнім арештом, доки вони не змогли покинути Португалію.
У 1940 році Аугусто Ісаак д' Есагі разом з Мойсесом Бенсабатом Амзалаком відіграють вирішальну роль від імені люксембурзьких євреїв, яких німці депортували з Люксембургу на борту Zwangstransporte. Завдяки втручанню д'Есагі дві групи депортованих були звільнені з-під варти та дісталися до Португалії наприкінці 1940 року.
З січня 1941 року організація COMASSIS виконувала роль посередника для тисяч біженців, які мігрували з окупованих нацистами територій у пломбованих поїздах, що сполучали Берлін з Лісабоном. Поїзди регулярно прибували у місто та в кожному з яких було понад 50 осіб. Співробітники COMASSIS розміщували біженців у готелях та пансіонах; допомагали їм з візами та взаємодіяли з судноплавними компаніями та з португальською владою від їхнього імені. Протягом перших трьох місяців 1941 року через Лісабон пройшло понад 1603 єврейських біженців.
Кількість біженців, які пройшли транзитом через Португалію під час другої війни, оцінюється від кількох сотень тисяч до одного мільйона, але євреї становили лише невелику частину від цього числа. Вважається, що протягом усієї війни через Португалію пройшло приблизно 60 000 — 80 000 єврейських біженців.
Усвідомлення Голокосту та реакція на нього З 1941 року Міністерство закордонних справ Португалії отримувало інформацію від своїх консулів у окупованій Німеччиною Європі про ескалацію переслідувань євреїв. Міністерство також інформували про викриття щодо знищення євреїв, опубліковані в країнах-союзницях з 1942 року. Історик Філіпе Рібейру де Менесес писав: