W tym samym roku, 7 czerwca spod Skwierzyny i Santoka wyruszyła husycka wyprawa na Krzyżaków.
W czasie wojny trzynastoletniej (1454–1466) Skwierzyna została zobowiązana przez króla Kazimierza Jagiellończyka, jak każde miasto królewskie, do wystawienia kontyngentu żołnierzy pieszych. Miała wysłać na wojnę 6 piechurów.
W XIV i XV wieku granicami Skwierzyny były: na zachodzie – Oberski Młyn od Bramy Oberskiej po Ociosną, na południu – obszar po granice pól opata zemsko-bledzewskiego w połowie dróg pomiędzy Zemskiem i Popowem a Skwierzyną, na wschodzie – mokradła po Krasne Dłusko i Hersztop (Nowa Niedrzwica), na północ – las skwierzyński po Kiweitz (Kijowice) i Świniary, po lewej stronie rzeki – rozlewiska i mokradła po Krowice (Croweitz, dzisiejsze Rakowo). Miasto znajdowało się na nadrzecznej wydmie, otoczone było murami obronnymi. Posiadało trzy bramy: Poznańską, Międzyrzecką i Oberską, a także trzy furty: mostową, młyńską i portową. W 1493 roku powierzchnia posiadłości miejskich wynosiła 7,863 hektarów.
XVI wiek thumb|150px|Pozostałości po starym cmentarzu ewangelickim w Skwierzynie thumb|150px|Jedna z macew na cmentarzu żydowskim w Skwierzynie Z 1510 roku pochodzi dokument nadający mieszkańcom miasta prawo do połowu ryb w rzece w czasie między Zielonymi Świątkami a dniem św.