Na zwołanym przez niego ogólnopolskim zjeździe biskupów w Gnieźnie w sierpniu 1919, w którym nie uczestniczyli ciężko chory kardynał Aleksander Kakowski oraz niezaproszony, choć usilnie zabiegający o udział, nuncjusz Achille Ratti, przyznano prymasowi Polski prawo do zwoływania zjazdów, a także przewodniczenia ich obradom, o ile nie uczestniczyłby w nich biskup posiadający godność kardynała. Przyjęto także, że przedstawiciel Stolicy Apostolskiej nie będzie członkiem tego gremium. W latach 1919–1926 przewodniczył Konferencji Episkopatu Polski (początkowo zwanej Zjazdem Biskupów). Władze państwowe, wymieniając w ustawodawstwie „prymasa Rzeczypospolitej” wskazywały na arcybiskupa gnieźnieńsko-poznańskiego. Podejmując próby wykonywania jurysdykcji prymasowskiej nad biskupami, napotkał jednak na ich opór. W 1922 przy biurze episkopatu w Warszawie otworzył kancelarię prymasowską, co spotkało się z reakcją kolejnego nuncjusza Lorenza Lauriego, obawiającego się przejęcia przez prymasa jego prerogatyw.