Систе́ма органи́ческого ми́ра — это систематическое описание всех существующих в настоящее время и существовавших ранее организмов.
Мир живых существ насчитывает несколько миллионов видов. Всё это многообразие организмов изучает биологическая систематика, основной задачей которой является построение системы органического мира.
Бесклеточные
Совокупность живых организмов, не имеющих клеточной структуры. «Бесклеточные» часто употребляют как синоним вирусов. Термин вошёл в употребление после открытия в 2003 году мимивируса, самого сложного из известных на сегодняшний момент вирусов, который, возможно, эволюционировал из клеточной формы жизни. Помимо вирусов, к бесклеточным иногда относят вироиды, вирусоиды, а также инфекционные агенты, не имеющие собственного генома, зашифрованного в ДНК или РНК (например, прионы).
Вирусы
Неклеточный инфекционный агент, который может воспроизводиться только внутри живых клеток. Вирусы поражают все типы организмов, от растений и животных до бактерий и архей (вирусы бактерий обычно называют бактериофагами). Обнаружены также вирусы, поражающие другие вирусы (вирусы-сателлиты).
Классификация по Балтимору
Лауреат Нобелевской премии биолог Дейвид Балтимор разработал классификацию вирусов по Балтимору. Классификация ICTV в настоящее время объединяется с классификацией по Балтимору, составляя современную систему классификации вирусов. Эта система включает в себя семь основных групп: (I) Вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК и не имеющие РНК-стадии (например, герпесвирусы, поксвирусы, паповавирусы, мимивирус). (II) Вирусы, содержащие одноцепочечную молекулу ДНК (например, парвовирусы). В этом случае ДНК всегда положительной полярности. (III) Вирусы, содержащие двуцепочечную РНК (например, ротавирусы). (IV) Вирусы, содержащие одноцепочечную молекулу РНК положительной полярности (например, пикорнавирусы, флавивирусы). (V) Вирусы, содержащие одноцепочечную молекулу РНК негативной или двойной полярности (например, ортомиксовирусы, филовирусы). (VI) Вирусы, содержащие одноцепочечную положительную молекулу РНК и имеющие в своем жизненном цикле стадию синтеза ДНК на матрице РНК, ретровирусы (например, ВИЧ). (VII) Вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК и имеющие в своём жизненном цикле стадию синтеза ДНК на матрице РНК, ретроидные вирусы (например, вирус гепатита B).
Вироиды
Патогены растений, которые состоят из короткого фрагмента (несколько сотен нуклеотидов) высококомплементарной, кольцевой, одноцепочечной РНК, не покрытой белковой оболочкой, характерной для вирусов. Самые малые вироиды scRNA (малые цитоплазматические РНК) вируса жёлтой крапчатости риса () имеют длину всего 220 нуклеотидов. Для сравнения: геном самого маленького известного вируса, способного вызывать инфекцию, имеет размер около 2000 оснований. Вироиды были открыты и названы в 1971 году Теодором О. Динеромhttp://www.ars.usda.gov/is/timeline/viroid.htm Tracking the Elusive Viroid.
Клеточные
Прокариоты Одноклеточные живые организмы, не обладающие (в отличие от эукариот) оформленным клеточным ядром и другими внутренними мембранными органоидами (за исключением плоских цистерн у фотосинтезирующих видов, например, у цианобактерий). Для клеток прокариот характерно отсутствие ядерной оболочки, ДНК упакована без участия гистонов. Тип питания осмотрофный. Единственная крупная кольцевая (у некоторых видов — линейная) двухцепочечная молекула ДНК, в которой содержится основная часть генетического материала клетки (так называемый нуклеоид) не образует комплекса с белками-гистонами (так называемого хроматина). К прокариотам относятся бактерии, в том числе цианобактерии (синезелёные водоросли), и археи. Потомками прокариотических клеток являются органеллы эукариотических клеток — митохондрии и пластиды. Прокариоты разделяют на два таксона в ранге домена (надцарства): и .
Археи
Археи представляют собой одноклеточные микроорганизмы, не имеющие ядра, а также каких-либо мембранных органелл. В настоящее время археи подразделяют на 5 типов. Из этих групп наиболее изученными являются кренархеоты () и эвриархеоты (). Классифицировать археи по-прежнему сложно, так как подавляющее большинство из них никогда не выращивались в лабораторных условиях и были идентифицированы только по анализу нуклеиновых кислот из проб, полученных из мест их обитания. Большая часть архей — хемоавтотрофы. Они используют значительно больше источников энергии, чем эукариоты: начиная от обыкновенных органических соединений, таких как сахара, и заканчивая аммиаком, ионами металлов и даже водородом. Солеустойчивые археи — галоархеи () — используют в качестве источника энергии солнечный свет, другие виды архей фиксируют углерод, однако, в отличие от растений и цианобактерий (синезелёных водорослей), ни один вид архей не делает и то, и другое одновременно. Размножение у архей бесполое: бинарное деление, фрагментация и почкование. В отличие от бактерий и эукариот, ни один известный вид архей не формирует спор.
Crenarchaeota Termoprotei Euryarchaeota Methanobacteria Methanococci Halobacteria Thermoplasmata Thermococci Archaeoglobi Methanopyri Nanoarchaeota Korarchaeota
Бактерии
Домен (надцарство) прокариотных (безъядерных) микроорганизмов, чаще всего одноклеточных. К настоящему времени описано около десяти тысяч видов бактерий и предполагается, что их существует свыше миллиона, однако само применение понятия вида к бактериям сопряжено с рядом трудностей. Изучением бактерий занимается раздел микробиологии — бактериология. Наибольшую известность получила фенотипическая классификация бактерий, основанная на строении их клеточной стенки, включённая, в частности, в IX издание Определителя бактерий Берги (1984—1987). Крупнейшими таксономическими группами в ней стали 4 отдела: Gracilicutes (грамотрицательные), Firmicutes (грамположительные), Tenericutes (микоплазмы; отдел с единственным классом Mollicutes) и Mendosicutes (археи).
Aquificae Thermotogae Thermodesulfobacteria Deinococcus-Thermus Chrysiogenetes Chloroflexi Thermomicrobia Nitrospirae Deferribacteres Синезелёные водоросли (Cyanobacteria) Chlorobi Proteobacteria Alphaproteobacteria Betaproteobacteria Deltaproteobacteria Epsilionproteobacteria Firmicutes Clostridia Mollicutes Bacilli Actinobacteria Planctomycetes Chlamydiae Spirochaetes Fibrobacteres Acidobacteria Bacteroidetes Bacteroides Flavobacteria Sphingobacteria Fusobacteria Verrucomicrobia Dictyoglomi Gemmatimonadetes
Эукариоты
Домен (надцарство) живых организмов, клетки которых содержат ядра. Все организмы, кроме бактерий и архей, являются ядерными (вирусы, вироиды и вирусоиды также не являются эукариотами, но не все биологи считают их живыми организмами). Животные, растения, грибы, а также группы организмов под общим названием протисты — все являются эукариотическими организмами. Они могут быть одноклеточными и многоклеточными, но все имеют общий план строения клеток. Считается, что все эти столь несхожие организмы имеют общее происхождение, поэтому группа ядерных рассматривается как монофилетический таксон наивысшего ранга. Согласно наиболее распространённым гипотезам, эукариоты появились 1,5-2 млрд лет назад. Важную роль в эволюции эукариот сыграл симбиогенез — симбиоз между эукариотической клеткой, видимо, уже имевшей ядро и способной к фагоцитозу, и поглощенными этой клеткой бактериями — предшественниками митохондрий и пластидов.
Амёбоподобные
Tubulinea Smirnov et al., 2005 Flabellinea Smirnov et al., 2005 Stereomyxida Grell, 1966 Acanthamoebidae Sawyer & Griffin, 1975 Entamoebida Cavalier-Smith, 1993 Mastigamoebidae Goldschmidt, 1907 Pelomyxa Goldschmidt, 1907 Eumycetozoa Zopf, 1884 emend. Olive, 1975 [Mycetozoa de Bary, 1873]
Opisthokonta
Обширная группа эукариот, включающая царства грибы и животные, а также некоторые эукариотические микроорганизмы, которые иногда объединяют в парафилетический тип Choanozoa (ряд исследователей предпочитает относить его к царству Протисты (Protista) — P. 3—13. или к царству Простейшие (Protozoa) — . — ., не принимаемым в качестве таксона в других классификациях). Все генетические и ультраструктурные исследования подтвердили монофилию данной группы.
Грибы
Царство живой природы, объединяющее эукариотические организмы, сочетающие в себе некоторые признаки, как растений, так и животных. Грибы изучает наука микология, которая считается разделом ботаники, поскольку ранее грибы относили к царству растений.
Базидиомицеты — Basidiomycota de Barry 1866, emend. Schaffer, 1975 Urediniomycetes Swann and Taylor, 1995 Ustilaginomycetes Bower, Oberw, and Vanky, 1997 Аскомицеты — Ascomycota Berkeley, 1857 Микроспоридии — Microsporidia Balbiani, 1882 Glomeromycota Schussler et al., 2001 [Glomales Morton and Benny, 1990; Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998] Зигомицеты — Zygomycota Fischer, 1892, emend. Benny et al., 2001 Хитридиомицеты — Chytridiomycetes de Barry, 1863, emend. Cavalier-Smith, 1981
Mesomycetozoa
Choanomonada
Monosigidae Zhukov & Karpov, 1985 [Codonosigidae Kent, 1880] Salpingoecidae Kent, 1880 Acanthoecidae Norris, 1965
Животные
Традиционно (со времён Аристотеля) выделяемая категория организмов, в настоящее время рассматривается в качестве биологического царства. Животные являются основным объектом изучения зоологии.
Пластинчатые — Placozoa Grell, 1971 Губки — Porifera Grant, 1836 [Parazoa Sollas, 1884] Эуметазои Animalia Linnaeus, 1758 emend. Adl et al., 2005 [Eumetazoa Butschli, 1910]
Rhizaria
Cercozoa
Cercomonadida Poche, 1913 emend. Mylnikov, 1986 Silicofilosea Adl et al., 2005 [Imbricatea Cavalier-Smith & Chao, 2003] Хлорарахниофитовые водоросли (Chlorarachniophyta Hibberd & Norris, 1984) Phytomyxea Engler & Prantl, 1897 emend. Cavalier-Smith, 1993 Phaeodarea Haeckel, 1879 [Tripylea Hertwig, 1879] Nucleohelea Cavalier-Smith, 1993
Haplosporidia
Foraminifera
Gromia
Радиолярии
Polycystinea Ehrenberg, 1838 emend. Haeckel, 1887 Sticholonche Hertwig, 1877 [Taxopodida Fol, 1883] Acantharia Haeckel, 1881 emend. Mikrjukov, 2000
Archaeplastida
Безранговый таксон, объединяющий наиболее развитые отделы водорослей — зелёные, харовые, микроскопические глаукофитовые и вымершие нематофитовые водоросли. Иногда в группу архепластид включают пятый отдел — красные водоросли. Но если руководствоваться монофилией, то в группу архепластид нужно включить ещё и высшие растения. Зелёные водоросли — это самый большой отдел архепластид (13000 — 20000 видов). Видов харовых водорослей меньше — 440. Видов нематофитовых водорослей ещё меньше — всего 10. Главкофитовые водоросли — самый маленький отдел архепластид, включает всего 4 вида.
Glaucophyta Skuja, 1954 [Glaucocystophyta Kies & Kremer, 1986] Красные водоросли — Rhodophyceae Thuret, 1855 emend. Adl et al., 2005 [Rhodophyta Wettstein, 1901; Rhodoplantae Saunders & Hommersand, 2004] Chloroplastida Adl et al., 2005 [Viridiplantae Cavalier-Smith, 1981; Chlorobionta Jeffrey, 1982 emend. Lewis & McCourt, 2004; Chlorobiota Kendrick & Crane, 1997] Зелёные водоросли — Chlorophyta Pascher, 1914 emend. Lewis & McCourt, 2004 Chlorodendrales Fritsch, 1917 Prasinophytae Cavalier-Smith, 1998 emend. Lewis and McCourt, 2004 Mesostigma Lauterborn, 1894 emend. McCourt in Adl et al., 2005 [Mesostigmata Turmel, Otis & Lemieux, 2002] Charophyta Karol et al., 2001 emend. Lewis & McCourt, 2004 [Charophyceae Smith, 1938 emend. Mattox & Stewart, 1984] Streptophytina Lewis & McCourt, 2004 Харовые водоросли — Charales Lindley, 1836 [Charophytae Engler, 1887] Растения — Plantae Haeckel, 1866 [Cormophyta Endlicher, 1836; Embryophyta Endlicher, 1836 emend. Lewis & McCourt, 2004]
Chromalveolata Adl et al., 2005