Друга світова війна стала початком кінця лінкорів, як домінуючої сили на морі. На початку війни великі флоти лінкорів—багато з яких належало до попередньої ери дредноутів—вважалися однією вирішальних сил у морських битвах. До кінця війни будівництво лінкорів майже припинилося, а майже кожен лінкор, який вижив, у наступні роки після закінчення війни були списані або здані на металобрухт.

Деякі до воєнні командири бачили майбутнє за авіаносцями, а напад на Перл-Гарбор в 1941 лише підтвердив цю думку. В результаті більша частина морської війни в Тихому океані припала саме на авіаносці. Лінкори воювали з лінкорами лише у двох битвах на Тихому океані,Напад на Перл-Гарбор став радикальним розвитком японської стратегії яка відбулася в 1941. Також імовірно, що американський план для Тихого океану передбачав швидке залучення лінійних кораблів. Evans and Peattie, p.471-7 а в Атлантиці лише три лінкори протистояли одному.

Лінкори залишилися найзахищенішими кораблями флотів; тим не менш, шістнадцять було потоплено і пошкоджено бомбами або торпедами, які було скинуто з літаків, а три з них були потоплені торпедами з субмарин.Лінкори «Конте ді Кавур», «Аризона», «Юта», «Оклахома», «Принц Уельський», «Рома», «Мусасі», «Тірпіц», «Ямато», «Шлезвіг-Гольштейн», «Імперіо», «Лемнос», «Кілкіс», «Марат», «Ісе» та «Х'юга» усі були пошкоджені торпедоносцями та ракетами з літаків. Крім того під час війни з'явилися керовані бомби, що спростило задачу ураження кораблів з літака.

Бойові дії Німецький до-дредноутний лінкор SMS Schleswig-Holstein зробив перші постріли Другої світової війни по польському гарнізону в Вестерплатте;Gibbons, p. 163 а підписання капітуляції Японської імперії відбулося на борту лінкора ВМС США Міссурі. Ці події розділяли шість років, за які стало зрозуміло, що колишні володарі морів лінкори перетворилися на допоміжні судна, а новою силою другої половини двадцятого століття стали авіаносні ескадри.

Тим не менш лінкори відіграли важливу роль у бойових сутичках в Атлантиці, на Тихому океані та у Середземномор'ї. В Атлантиці, німці експериментували з лінкорами у своїй звичайні ролі ударної сили флоту, крім того вони використовували свої кишенькові лінкори як рейдери. Хоча лінкори і взяли участь в кількох битвах, вони мало плинули на перебіг битви за Атлантику на відміну від есмінців і підводних човнів, а використання авіаносців стало вирішальним у більшості вирішальних битв на Тихому океані.

У червні 1940 «Шарнгорст» та Гнейзенау несподівано атакували і потопили легкий ескортний авіаносець HMS Glorious на захід від Норвегії.Gibbons, pp. 246–247 Це була перша і остання битва де авіаносець флоту потопили гарматами головного калібру. Під час нападу на Мерс-ель-Кебір, британські лінкори відкрили вогонь по французам, які стояли на рейді Алжиру з великокаліберних гармат, а пізніше переслідували французькі кораблі літаками з авіаносців.

Таранто і Матапан Наприкінці 1940 та у 1941, лінкори брали участь в битвах з авіаносцями.

Першою демонстрацією потужності морської авіації стала британська атака італійської військово-морської бази в Таранто яка відбулася в ніч з 11 на 12 листопада 1940. Невелика кількість літаків Королівських ВМС атакувала італійський флот у гавані, потопили один і пошкодили два інших лінкори.

Через цю атаку італійці почали шукати можливості завдати удару по британських ВМС, в результаті вони зазнали поразки в битві біля мису Матапан. У цій битві британські торпедоносці настільки сильно пошкодили італійський лінкор, що той змушений був покинути стрій, а пізніше вночі британські лінкори потопили три важких крейсери італійців.

Клас Шарнгорст Кораблі класу Шарнгорст стали першими великими кораблями, інколи їх відносять до лінійних крейсерів або лінкорів. Їх побудували для німецьких Крігсмаріне після Першої світової війни. Клас складався з двох кораблів: головного Шарнгорста та Гнейзенау. Першим на воду спустили Шарнгорст, тому в деяких джерелах його називають головним кораблем; проте, в деяких джерелах клас називають Гнейзенау, тому що Гнейзенау першим заклали на стапелі і ввели в стрій. Вони стали символом відродження німецького флоту після Версальської угоди. Кораблі мали на озброєнні дев'ять 28 см гармат (11 in) SK C/34 у трьох тригарматних баштах, хоча існували плани переозброїти їх шістьма 38 см гарматами (15 in) SK C/34 у двогарматних баштах.

Шарнгорст було потоплено у бою біля Норд-Капу британськими есмінцями, крейсерами та лінкором Герцог Йоркський. Гнейзенау розбомбила авіація в сухому доку, після цього його не ремонтували.

Бісмарк Морська війна в Атлантиці виникла через спробу Німеччини використати великі бойові кораблі в якості рейдерів — два лінкори, Бісмарк та Тірпіц, та лінійних крейсери — щоб вплинути на битву за Атлантику знищуючи атлантичні конвої до Великої Британії. Тому для захисту конвоїв використали велику кількість бойових кораблів, крім того частина почала полювання на німецькі кораблі, де їм суттєво допомогла морська та сухопутна авіація. 24 травня 1941, під час спроби прориву до Північної Атлантики, Бісмарк вступив у бій з британськими лінкором HMS Prince of Wales та лінійним крейсером HMS Hood. Завдяки більш далекобійним та точним гарматам невдовзі Бісмарк, зміг потопити Худ влучивши в артилерійський погреб. Бісмарк та Принц Уельський влучили один в одного по три рази, через, що Принц Уельський покинув бій,Gibbons, pp. 228–229 а Бісмарк змушений був закінчити рейдерство, тому що частина палива змішалася з забортною водою. На шляху до Сен-Назера, Королівські ВМС продовжили полювання на Бісмарк, а вдала атака біпланів-торпедоносців Swordfish з авіаносця HMS Ark Royal пошкодила кермо Бісмарка, що значно уповільнило лінкор. Це дозволило двом лінкорам Королівських ВМС, крейсерам та есмінця потопити лінкор.

Битви на Тихому океані

У багатьох вирішальних битвах на Тихому океані, наприклад у Кораловому морі та за Мідвей, лінкори або зовсім не брали участі або перебували в тіні авіаносців, які запускали свої літаки для участі в битві за сотні миль від себе. Основною задачею лінкорів на Тихому океані стали обстріли узбережжя та зенітний захист авіаносців. Стратегічною Японії стали два найбільших лінкори у світі класу Ямато, з головними гарматами калібром 18,1-дюйму (460 мм), але Ямато стріляв з головного калібру лише один раз, а Мусасі взагалі не стріляв зі своїх гармат. Через технічні дефекти (повільні лінкори не могли співпрацювати зі швидкими авіаносцями), помилкову військову доктрину (японці прагнули "вирішальної битви", яка так і не відбулася) та не вірні диспозицій (як у битві за Мідвей) лінкори не мали успіху.Willmott, H.P. Barrier and the Javelin (Annapolis: USNIPress, 1983).

Перл-Гарбор До початку війни за Тихий океан, до воєнна доктрина базувалася на використанні дредноутів. Королівські ВМС не могли досягти паритету дев'яти японським лінкорам у Південно-Східній Азії, оскільки проти Німеччини вони мали б лише кілька кораблів. Проте, прем'єр-міністр Вінстон Черчилль був оптимістично налаштований відносно ситуації у Північній Атлантиці та на Середземномор'ї, а тому виділення двох кораблів для захисту Сингапуру розглядав як компроміс. Більш того ВМС США пізніше погодилися направити тихоокеанський флот з восьми потужних лінкорів до Сингапуру.

7 грудня 1941 завдали раптового удару по Перл-Гарбору. П'ять з восьми лінкорів США затонули, а інші сильно пошкоджено. Таким чином японці нейтралізували лінкори США на Тихому океані повітряною атакою, показавши вразливість бойових кораблів, які стоять на рейді, до повітряних атак, як і в Таранто. Втрата лінкорів дала змогу США зрозуміти, що основними бойовими кораблями повинні бути авіаносці, щоб можна було контратакувати японців, як наприклад, під час рейду Дуліттла у квітні 1942, а також атакувати японські військово-морські сили, як у битві в Кораловому морі в травні 1942 та у битві за Мідвей у червні 1942.

Потоплення британських лінкора HMS Prince of Wales та лінійного крейсера HMS Repulse, продемонструвало вразливість лінкорів під час повітряних атак навіть у морі без авіаційної підтримки. Обидва кораблі прямували на захист Сингапуру коли японські бомбардувальники та винищувачі наземного базування знайшли і потопили їх 10 грудня 1941. Не приємним було те, що Принц Уельський став першим сучасним лінкором який мав гарний захист від авіації і був потоплений саме нею.Axell, Albert: Kamikaze, p. 14

Мідвей Загально визнано, що битва за Мідвей стала перемогою авіаносців і виявила недоліки японського оперативного планування. Ямамото, вважаючи свої лінкори цінними бойовими одиницями, тримав їх в тилу, відповідно до традиційної практики. Тому вони не могли допомогти Наґумо (крім того, вони були повільними, щоб працювати разом з ним). Отже, після потоплення авіаносців Наґумо, Ямамото втратив можливість врятувати хоч щось. Авіаносці, не зважаючи на всі свої переваги, були вразливі вночі, і можливо Флетчер міг би атакувати Ямато в ніч з 6 на 7 червня, якби він перебував ближче.Willmott, Barrier and the Javelin, passim.

Гуадалканал На початку вступу у війну США в грудні 1941 жоден з дев'яти тихоокеанських лінкорів не був в строю. Один перебував на верфі у П'юджет-Саунд з червня 1941 по березень 1942. Вісім перебували в Перл-Гарборі, два було втрачено, а шість затоплено або пошкоджено і їх відправили на верфі на Західному узбережжі для ремонту та реконструкції. Зі швидкістю в 21 вузол лінкори не могли входити до складу швидких авіаносних груп. Нові швидкі лінкори класів Північна Кароліна та Південна Дакоти все ще проходили випробування. Вони були готові влітку 1942 і забезпечували зенітний захист авіаносців у боях за Східні Соломонові острови та острови Санта-Крус.

В той же час в Японському імператорському флоті на початку війни була дюжина лінкорів, але вони не брали участі у жодній визначній битві. Два лінкори класів Фусо та Ісе, не зважаючи на модернізацію та непогану швидкість, були передані силам самооборони для тренувань, у той час як Нагато та обидва лінкори класу Ямато зберігалися для участі у "вирішальній битві", яка так і не відбулася. По факту участь у боях на початку війни брали чотири лінійні крейсери класу Конго, які загалом виступали в ролі ескортних через свою велику швидкість та зенітне озброєння.Gibbons, pp. 262–263

Під час завершального етапу битви за Гуадалканал восени 1942, японці і американці були змушені ввести в бій свої надводні лінійні сили через потребу в нічних операціях та виснаження авіаносних сил. Під час першої морської битви за Гуадалканал, лінкори Hiei та Kirishima були знешкоджені американськими крейсерами та есмінцями. Кілька кораблів ВМС США було втрачено, а інші пошкоджено, але вони нанесли критичні пошкодження Hiei, який покинув екіпаж після початку авіанальотів та з'ясування, що корабель врятувати не можливо. Наступного вечора, у другій морській битві за Гвадалканал 15 листопада 1942, лінкори США Південна Дакота та Вашингтон атакували та знищили Кірішиму, але тільки після того як японський корабель наніс важкі пошкодження Південній Дакоті. Північна Кароліна також тимчасово вийшла з ладу через атаку японської субмарини I-19, яка потопила ескортний есмінець USS O'Brien (DD-415).

Японці також застосували одного разу лінкори для обстрілу узбережжя, відправивши Конго та Харуну проти аеродрома Гендерсона. У найбільш вдалій операції японських лінкорів,Stille, Cdr Mark (2008). Imperial Japanese Navy Battleships 1941–1945. p 19, Oxford: Osprey Publishing. загинув 41 захисник, а аеродром було виведено з ладу на 12 годин.

Затока Лейте Під час битви у Філіппінському морі, японці зазнали значні втрати в авіації, а тому були змушені застосувати свої дредноутні сили, старі та нові, у битві в затоці Лейте. Завданням цієї "вирішальної битви" було зупинити Союзників на шляху до захоплення Філіппін, що могло перервати постачання нафтою японського флоту.